很多人問過我敏感性分析的問題,說明大家對敏感性分析普遍是有疑問的,我之前的推文中也沒有詳細的講過,因此決定寫這一篇補充一下敏感性分析的工作。
什么是敏感性分析
敏感性分析定義:敏感度分析是研究數學模型或系統(數值或其他)輸出中的不確定性如何在其輸入中被分配到不同的不確定性來源 ——摘自維基百科。
我知道這段拗口的定義讓人看了,感覺跟沒看一樣。
所有的文字都認識,但是連起來就讀不懂是什么意思了。
所以我直白的翻譯一下,敏感性分析就是通過一些手段鑒定結果是否靠譜的一項分析。
為什么要進行敏感性分析
前面回答了敏感性分析的定義,顯而易見,它的作用包括以下三項:
1)評估結果是否穩健,結論是否靠譜;
2)評估結果是否有潛在的偏倚(比如基因多效性,數據異質性);
3)評估是否存在某一個工具變量嚴重影響結局變量;
敏感性分析包括什么
廣義的敏感性分析包括以下三項:
1)基因多效性檢驗;
2)異質性檢驗;
3)“leave-one-out”法;
俠義的敏感性分析指的是“leave-one-out”法。
現在大多數的孟德爾隨機化研究提到敏感性分析的時候指的是“leave-one-out”法。
基因多效性和異質性檢驗會單獨拎出來講。
敏感性分析的結果怎么看
1)基因多效性檢驗;
關于基因多效性的文章我之前有講過,見推文使用MR-PRESSO檢驗水平基因多效性(孟德爾隨機化分析)。
我這里就不再贅述了。
2)異質性檢驗;
來自不同的分析平臺、實驗、人群等的工具變量(IV,一般指SNP)可能存在異質性,最終影響結果。
異質性檢驗我之前也寫過的,見推文有相關性就有因果關系嗎,教你玩轉孟德爾隨機化分析
命令很簡單,就一句mr_heterogeneity(dat)
異質性檢驗的結果看P值,P值大于0.05說明納入的 IVs 不存在異質性,研究結果不需要考慮異質性造成的影響。
3)“leave-one-out”法;
“leave-one-out”法指的是逐步剔除每個SNP,計算剩余SNP的meta效應,觀察剔除每個SNP后結果是否發生變化,如果剔除了某一個SNP后,結果改變很大,說明存在某一個SNP對結果影響很大,這是我們不愿意看到的情況。
理想的情況應該是逐步剔除某個SNP后結果變化不大。
如下圖所示,剔除每個SNP后,總體的誤差線變化不大(所有的誤差線均在0的右側或者所有的誤差線在0的左側),說明結果是靠譜的。
這期就講到這啦,如果你有什么疑問,歡迎進群交流(見公眾號菜單欄)或者向我提問,我會結合大家的需求考慮是否發推文統一解答。