2021年1月12日，廣東省科學(xué)院微生物研究所朱紅惠課題組的劉陽博士在International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology上發(fā)表了題為Roseibium litorale?sp. nov., isolated from a tidal flat sediment and proposal for the reclassification of?Labrenzia polysiphoniae?as?Roseibium polysiphoniae?comb. nov.的論文。劉陽博士在研究廣東省珠海市淇澳島沿岸環(huán)境好氧不產(chǎn)氧光合細(xì)菌的系統(tǒng)多樣性和地理分布的過程中分離獲得一株潛在新種細(xì)菌。基于16S rRNA基因系統(tǒng)進(jìn)化分析、基因組比較分析、表型特征及化學(xué)分類學(xué)特征比較，鑒定該菌株為Roseibium屬新種，命名為Roseibium litorale?sp. nov.（海岸帶玫瑰色菌），模式菌株為4C16AT（= GDMCC 1.1932T?= KACC 22078T）。此外，該研究將分類地位有誤的兩個近緣物種Labrenzia polysiphoniae和‘Labrenzia callyspongiae’重新歸類為Roseibium polysiphoniae和Roseibium callyspongiae。
具體內(nèi)容如下：
1.?基因型特征鑒定
該研究獲得了菌株4C16AT的16S rRNA基因和基因組序列（圖1A和1C），兩者的系統(tǒng)發(fā)育分析表明：菌株4C16AT分類上屬于Roseibium屬，與Roseibium suaedae具有最近的親緣關(guān)系，但形成了獨(dú)立分枝（圖1A和1B）。菌株4C16AT和近緣菌株的dDDH和ANI值為28.6%和85.0%，低于70%的dDDH和95~96%的ANI對應(yīng)的種分類閾值。這些結(jié)果表明：菌株4C16AT屬于Roseibium屬的一個基因型新種。
圖1 菌株4C16AT和近緣參考菌株基因型特征比較
A：16S rRNA基因系統(tǒng)發(fā)育樹；B：基因組序列系統(tǒng)發(fā)育樹；C：基因組特征。
2.?表型特征鑒定
菌株4C16AT的菌落在MA培養(yǎng)基呈白色、光滑（圖2A）；細(xì)胞革蘭氏染色呈陰性，桿狀、無鞭毛（圖2B）。它的最適生長溫度、pH和NaCl濃度（w/v）及范圍分別是28°C和10 ~ 40°C、6.0 ~ 7.0和5.0 ~ 10.0、1%和0~6%。它的堿性磷酸酶、酸性磷酸酶和脲酶陽性；分解七葉苷、利用葡萄糖和阿拉伯糖等。它的脂肪酸主要成分是Summed feature 8，極性脂包括DPG、PC、PE、PG和PME，呼吸醌包括Q-9、Q-10。這些結(jié)果表明：菌株4C16AT的化學(xué)分類學(xué)特征與Roseibium屬特征一致，但它的形態(tài)特征、生長特性、酶活譜、底物利用譜與近緣參考菌株存在明顯不同（圖2C）。
圖2 菌株4C16AT和近緣參考菌株表型特征的比較
A：菌落形態(tài)；B：細(xì)胞形態(tài)；C：表型特征。
3.?近緣物種重新分類
基于多相分類學(xué)鑒定，該研究發(fā)現(xiàn)4C16AT的兩個近緣物種Labrenzia polysiphoniae和‘Labrenzia callyspongiae’的分類地位有誤（圖1和2）。因此，該研究重新分類了前者并命名為Roseibium polysiphoniae，目前已在LPSN（https://lpsn.dsmz.de/species/roseibium-polysiphoniae）收錄。后者雖有效發(fā)表，但未合格發(fā)表，該研究建議重新分類后者并命名為Roseibium callyspongiae，也已在LPSN（https://lpsn.dsmz.de/species/roseibium-callyspongiae）收錄。
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4.?物種命名及保藏信息
該研究命名的新物種為Roseibium litorale，中文譯名為海岸帶玫瑰色菌，模式菌株為4C16AT，分別保藏于廣東省微生物菌種保藏中心（GDMCC 1.1932T）和韓國農(nóng)業(yè)微生物菌種保藏管理中心（KACC 22078T），目前已在LPSN（https://lpsn.dsmz.de/species/roseibium-litorale）收錄。
作者郵箱：liuhaolin3@163.com
編輯∣馮曾威
審核∣姚青、馮廣達(dá)
廣東省微生物菌種保藏中心-華南農(nóng)業(yè)大學(xué)園藝學(xué)院土壤微生物組聯(lián)合團(tuán)隊
