懷疑非腫瘤生信發不了SCI的朋友,看過來

有很多人看見腫瘤方向做生信數據挖掘發了很多SCI論文,但是感覺非腫瘤方向發不了。其實,非腫瘤是完全可以發的,今天就分享一篇最新的非腫瘤的純生信數據挖掘SCI論文,作者研究的是急性心肌梗塞,作者也是挖掘了GEO數據庫的數據,通過簡單清晰的分析(差異分析、GO和KEGG富集分析、PPI分析、篩選hub基因)得到相關結果、結論,最后發表了自己的SCI。

研究背景:

急性心肌梗塞(AMI)是導致世界各地人類健康面臨威脅的常見疾病。在這里,我們旨在通過采用集成的生物信息學工具來探索AMI中的新生物標志物和潛在的治療靶標。

研究方法:

利用GEO數據庫獲取AMI和非AMI全血的基因數據。此外,使用R 3.6.1軟件中的“ Limma”軟件包篩選差異表達基因(DEG)。通過R 3.6.1軟件中的“ Bioconductor”和“ GOplot”軟件包對DEG進行功能和途徑富集分析。為了篩選hub基因,應用了STRING版本11.0數據庫,Cytoscape和MCODE。?hub基因之間的相關性使用Pearson相關分析進行評估。

研究結果:

通過進行差異分析,分別從GSE66360成功鑒定出289個上調的DEG和62個下調的DEG。并且它們主要在富集在嗜中性粒細胞活化,免疫反應,細胞因子,核因子κB(NF-κB)信號通路,IL-17信號通路和腫瘤壞死因子(TNF)信號通路。根據蛋白質間相互作用(PPI)的數據,對排名前10位的hub基因進行了排序,包括白介素8(CXCL8),TNF,N-甲酰基肽受體2(FPR2),生長調節型α蛋白(CXCL1),轉錄因子AP-1(JUN),白介素1β(IL1B),血小板堿性蛋白(PPBP),基質金屬蛋白酶9(MMP9),toll樣受體2(TLR2)和高親和力免疫球蛋白ε受體亞基γ( FCER1G)。此外,相關分析的結果表明,這10個hub基因之間存在正相關。

研究結論:

在本研究中,十種DEGs被確定為AMI患者的潛在候選診斷生物標志物。但是,需要進一步的實驗來確認與AMI相關的功能途徑和hub基因。

參考文章鏈接:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33847684/

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