這是我替同事做的一個(gè)啟動(dòng)子順式元件預(yù)測(cè)，簡(jiǎn)單介紹下流程。
目的：從同事的描述中，我大概確定客戶想研究WRKY70轉(zhuǎn)錄因子對(duì)煙草抗逆性的調(diào)控，并且想對(duì)自己的啟動(dòng)子做一個(gè)順式元件分析。
分析：我從沒(méi)研究過(guò)植物，對(duì)煙草的轉(zhuǎn)錄調(diào)控和抗逆性研究實(shí)在不懂，好在我分子生物學(xué)基礎(chǔ)還不錯(cuò)，對(duì)轉(zhuǎn)錄因子、順式元件還比較熟。既然不懂就得先學(xué)習(xí)一下了，谷歌學(xué)術(shù)真是個(gè)神器，搜索WRKY70得到很多相關(guān)文獻(xiàn)，閱讀了幾篇文獻(xiàn)的摘要之后我得到幾點(diǎn)信息：
①WRKY70是WRKY家族的一個(gè)代表，參與脫落酸、水楊酸的表達(dá)調(diào)控，主要調(diào)節(jié)植物防御中的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)；
②WRKY70是誘導(dǎo)型轉(zhuǎn)錄因子，通過(guò)對(duì)干旱環(huán)境的應(yīng)激性反應(yīng)調(diào)節(jié)植物的抗旱性能力；
③已經(jīng)有人對(duì)NtWRKY70的啟動(dòng)子進(jìn)行了分析，并公布了啟動(dòng)子序列（doi：10.1186 / s12864-015-1575-4）。有了參照，可以開(kāi)始分析了。
過(guò)程：①比對(duì)目標(biāo)基因，發(fā)現(xiàn)來(lái)源于Nicotiana tabacum TN90品系，是一個(gè)推斷的WRKY70轉(zhuǎn)錄因子（GenBank:XM_016637407），mRNA全長(zhǎng)975bp，CDS有675bp；
②真核生物一般是單順?lè)醋樱荳RKY70的啟動(dòng)子應(yīng)該就在5‘-UTR的上游，找到mRNA所在的基因組（TN90_scaffold98022），把上游的3000bp復(fù)制下來(lái)（確保啟動(dòng)子在里面）；
③找到 Rabara等報(bào)道的啟動(dòng)子序列（GenBank:KM510344.1），通過(guò)同源比對(duì)發(fā)現(xiàn)兩者同源性很低，表明Rabara等可能用的是自己構(gòu)建的啟動(dòng)子。
④開(kāi)始啟動(dòng)子分析：有很多啟動(dòng)子預(yù)測(cè)工具，我比較推薦PLACE，直接輸入序列提交即可，他輸出放入結(jié)果如下圖：
⑤包括順式元件的名稱，位置，基序和注釋，點(diǎn)擊注釋有詳細(xì)的描述該元件功能及發(fā)現(xiàn)過(guò)程的文獻(xiàn)，比如使用Rabara的啟動(dòng)子，可以得到ABRELATERD1元件，點(diǎn)擊后可以看到這是一個(gè)與干旱和暗誘導(dǎo)相關(guān)的元件。
⑥根據(jù)預(yù)測(cè)結(jié)果在序列作圖軟件上對(duì)啟動(dòng)子進(jìn)行標(biāo)注，即完成了預(yù)測(cè)過(guò)程。PLACE預(yù)測(cè)的結(jié)果有很多重復(fù)，挑選幾個(gè)與自己研究相關(guān)的即可。
WRKY70作為一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子，它肯定是輔助RNA聚合酶調(diào)控下游基因的表達(dá)的，而且作為誘導(dǎo)型轉(zhuǎn)錄因子，一般有特定的識(shí)別序列。 Rushton等（doi：10.1016 / j.tplants.2010.02.006）報(bào)道了WRKY家族保守性的結(jié)合W框（5'-TTGACC / T-3'），可以為WRKY70調(diào)控下游基因預(yù)測(cè)提供參考。另外，TOBFAC是一個(gè)煙草轉(zhuǎn)錄因子專業(yè)數(shù)據(jù)庫(kù)(10.1186 / 1471-2105-9-53)，可惜我打不開(kāi)外網(wǎng)，只能介紹到這里了。
