前言
康奈爾大學，FeiLab的一個預測工具。
iTAK 是依賴于數據庫的用于從蛋白質或核苷酸序列中識別植物轉錄因子 (TF)、轉錄調節因子 (TR) 和蛋白激酶 (PK)，然后將單個 TF、TR 和 PK 分類為不同的基因家族的工具。
本人能力有限，本文可能存在描述不當與錯誤的地方，請仔細辨別后使用。
鑒定與依據
TFs 和 TRs 的識別和分類是基于主要從 PlnTFDB (Perez-Rodriguez et al., 2010)和 PlantTFDB [(Jin et al., 2014) 總結的一致性規則（每個基因家族的必需和禁止的蛋白質結構域），與來自 PlantTFcat (Dai et al., 2013)和 AtTFDB (Yilmaz et al., 2011)的家族 使用了支持證據。
PKs的鑒定依賴于Pfam數據庫中與PF00069和PF07714 的hits。鑒定到的PK通過與比較一系列的HMMs（ Lehti-Shiu MD, Shiu S-H (2012)）將其劃分到不同的基因家族。
我來bici兩句：iTAK發表文章中指出了兩個數據庫（PlnTFDB和PlantTFDB）各自的一些缺陷。plnTFDB我沒用過，但是PlantTFDB在iTAK出來后是有更新的，高老師看不到這篇文章和這個工具不太可能。如果提出的問題確實存在且合理，我相信后面更新中肯定會修正的（這只是我的臆想，我的水平還不到去校對文中提到問題的水平），所以大家也不要看到iTAK發文中提到了PlantTFDB的問題就不用PlantTFDB預測TF了。
工具有沒有人在用？
這個工具，我是在一個學長的畢業答辯上聽來的。
我昨天在pubmed搜了下，印象比較深的是有兩篇中藥論文中都用到了這個工具。
另外，我在網上搜到了一家生信分析報告模板，其中就有用這個工具。
關于軟件本地部署，中文中有些本地部署的流程，但不建議大家本地部署（數據庫的更新依賴mysql），因為github中的數據庫文件沒有在線網頁版的新。雖然我不更新數據庫的本地部署與在線版的預測結果條數一致（具體序列ID并沒有進行比較），但我還是用了在線版本的分析結果。
iTAK 1.6 在線版本主頁
http://itak.feilab.net/cgi-bin/itak/index.cgi
過程
第一步：進入主頁http://itak.feilab.net/cgi-bin/itak/index.cgi
不需要工具，就是網絡慢點。
第二步：輸入數據，選擇數據類型
蛋白質序列數據，以文件形式上傳或者直接粘貼FASTA格式序列。
輸入數據要求與限制（≈沒限制）：fasta格式，核苷酸或者蛋白序列，序列數<50k條且文件大小<100M。
第三步：填寫接收數據郵箱。
雖然可以在線等，但是寫個郵箱穩妥點。
如果提交成功則應該會跳轉類似如下界面。
第四步：下載結果
我測試的3萬多條蛋白序列，用了大概50分鐘。
在線等結果或者復制郵箱中的網頁鏈接到瀏覽器打開。
呈現如下結果（這里只截圖了TF，TR）：
點擊左上角"Download" 就可以下載所有結果。
結果文件內容
解壓結果文件，層層打開文件夾PXXXXXXXXXX_output\home\kentnf\webfiles\bioinfo\itak\itak_web\itak_html\tmp\itak_online\PXXXXXXXXXX_output （這個文件夾屬是有點深不可測）即可看到6個結果文件
- tf_sequence.fasta
所有鑒定的TF/TR序列
- tf_classification.txt
所有TF/TR的分類，tab制表符分割，包含序列的ID和各自的家族。
- tf_alignment.txt
制表符分割的txt文檔，包含所有鑒定到的TF/TR比對蛋白結構域數據庫。
- pk_sequence.fasta
所有鑒定到的PK蛋白序列。
- Shiu_classification.txt
所有鑒定到的PK蛋白分類。制表符分割的txt文件，包含序列ID和相應的蛋白激酶家族。
- Shiu_alignment.txt
制表符分割的txt文檔，包含所有鑒定到的PK比對蛋白結構域數據庫。
后話=廢話
其實，這個工具我是先直接本地部署的，但是github上數據庫這么久沒更新，心里屬實不踏實。看了下iTAK.pl ，當然是看不懂的，但是我發現了一些隱藏的選項和內容。在腳本最后的email模塊發現了這個在線網址鏈接才知道原來還有在線版本。同時網站提供了最新數據庫，但是看了下部署，竟然有用到mysql，然后直接對本地版說了拜拜。現在還沒時間學習mysql。
