最近在使用老版本的基因組時，需要從V4轉到V3,使用Picard的Liftover函數一直報錯，經查詢可能是基因組文件有問題。在經歷多次探索，發現基因組文件不正確。
基因組文件格式一般是：fasta或者是fa.gz
在基因組組裝時，是從contig組裝成scaffold，然后在根據圖譜，組裝到Chromosome染色體上。
我把Scaffold當作Chromosome格式使用，程序自然會報錯。
目前可以使用三代測序數據重新組裝基因組，從scaffold到chromosome水平。
最新的工具：RaGOO(基于minimap2). github
論文
contig/scaffold 和 N50/N90
把測序的reads拼接，如果可以完全拼接起來，中間沒有gap,則是contig.如果中間有gap，但是知道gap的長度，這樣的序列稱為scaffold.
contig N50 和scaffold N50
把contig或scaffold按照從大到小的順序排列，長度達到基因組大?。ㄋ衏ontig或scaffold的長度）的50%時，那條contig/scaffold的長度，即為contig/scaffold N50. N50越大，說明基因組組裝的質量越高。同理還有N90,即達到基因組大小90%時的contig/scaffold的長度。
