縱觀人民幣跨境支付清算七年的發展，在整體規模和內容結構上都發生了巨大的變化。但在發展變化的同時，我們也看到存在著一些問題。

（1）高度依賴其他系統，清算效率低

前面提到的三種人民幣跨境清算模式有一個共同點，那就是三種模式都是以CNAPS為媒介開展，高度依賴SWIFT系統。首先，由于CNAPS運行時間是為滿足國內銀行間人民幣支付清算的需求而設置，對于有較大時差的國家和地區，根本沒有充足的時間來處[1]理跨境人民幣清算業務，這就導致這些國家和地區跨境人民幣支付清算業務延遲。其次，CNAPS在處理海外跨境人民幣支付業務必須依賴SWIFT系統傳遞報文，雖然SWIFT是總部位于布魯塞爾的私營金融中介服務機構，但SWIFT控制權真正掌握在G10國家的中央銀行手中，其他國家參與者都只是SWIFT的使用者，沒有任何話語權。因此SWIFT容易被西方國家政治行為左右。在2013年的烏克蘭危機中，西方一些國家就聲稱要利用SWIFT系統來制裁俄羅斯，將其排除在SWIFT系統之外。中國在SWIFT中沒有話語權，而且對數據沒有監督權和處置權，將來一旦爆發金融危機或進行貨幣戰爭，將處于非常不利的境地。再次，目前人民幣跨境支付清算系統所采用的常用模式無一例外都必須依靠SWIFT報文系統傳遞跨境清算信息。但是目前的SWIFT系統無法采用中文報文，更為關鍵的是，系統中一些字段與大額支付系統報文不兼容；另外，SWIFT系統現有的報文規則沒有對人民幣跨境支付的路徑做完整的規定，因此與國際清算系統接口無法達到完全匹配。還有，由于CNAPS尚未與境內外幣支付系統、證券清算系統實現完全對接，難以實現跨境清算時，人民幣和外幣同步支付結算和人民幣證券券款兌付結算，這就導致部分人民幣跨境支付和清算業務不能夠實時跨境結算的問題。鑒于CNAPS存在以上問題，在跨境人民幣支付結算中很容易出現差錯，從而降低了跨境支付結算的效率。

3.2.2統計監測難度大

在我國的經濟的不斷發展的經濟前提下，我國的人民幣正在一步步的向國際走去，特別是人民幣加入特別提款權（SDR）貨幣籃子后，我國金融機構在開展跨境人民幣支付清算業務時，將面臨一個更加復雜多變的國際金融市場，該市場自由化程度更高，業務競爭更加激烈，存在很大的潛在金融風險。面對復雜多變的國際金融市場，我國金融機構要搞好跨境人民幣支付結算業務，必須全面掌握全球人民幣資產負債變化情況，這就要對跨境人民幣結算業務進行精確統計，及時掌控全球金融市場人民幣頭寸，防范和化解金融風險。現有的跨境人民幣支付清算系統使用SWIFT進行報文轉換后，中國監管機構很難對人民幣支付數據進行監測。

3.2.3金融機構缺乏國際金融管理經驗

2009年，我國開始跨境人民幣支付結算業務試點工作，之后，業務規模不斷擴大，使用范圍由貿易結算逐步擴展到直接投資、證券投資、離岸存款、境外信貸、外匯儲備等領域, 并取得了令人欣喜的成果。但我國商業銀行在經辦跨境人民幣支付清算方面也存在很多問題：一是除了幾大國有商業銀行外，大部分地方性商業銀行沒有海外機構，無法辦理跨境人民幣支付結算業務；[2]二是國際金融經營管理人才普遍缺乏，我國地方性商業銀行在自我市場定位、境內外市場開發以及策劃、營銷方面都與境外金融機構存在很大差距，需要盡快提高國際金融業務經營管理能力。隨著我國對外開放的程度越來越大，商業銀行在開展人民幣跨境支付結算業務時，需要面對的是一個自由化程度高、競爭激烈、復雜多變的國際金融市場，這就要求境內商業銀行對市場具有一定的預見性，能夠對可能的金融風險提供較好的風險評估和面對風險時，能夠建立完善的風險內控制度；還需要從全球化的角度對自身的資產進行合理配置和風險把控。三是缺乏以市場需求為基礎的產品創新能力，隨著人民幣國際化步伐的不斷加快，境外金融市場對人民幣產品的需求也日益迫切，但是我國在金融領域的開放程度還處于初期階段，境內商業銀行受人民幣跨境相關政策的制約，推出的跨境人民幣產品從形式、內容上比較雷同，不能滿足國際市場多元化的需求。

3.2.4有效的市場化匯率和利率決定機制尚未形成

我國的資本市場的發展已經有25的歷史，但是與中國開放性的經濟相比，我國的資本市場還是相對比較封閉。對人民幣跨境支付清算影響最大的，就是我國雖然有了自己的清算體系，但是到目前為止，還沒有形成以有效的市場為基礎的匯率和利率決策機制和人民幣流入流出的雙向流動機制。在現階段，人民幣跨境支付清算要繼續發展，就要求政府放寬資本管制，人民幣實現完全可兌換。根據蒙代爾 - 弗萊明模型的結論，開放經濟的實施時，不能在同一時間可以實現資本的國家自由流動，固定匯率和獨立的貨幣政策，這兩者才能實現，即所謂的“三難選擇”。對于中國這樣一個大國，我們必須保持貨幣政策的獨立性，而人民幣的雙向流動機制和資本自由流動的要求，因此要求人民幣國際化的發展必須是浮動匯率制度。 2010年中國實行匯率改革，人民幣匯率不再盯住單一美元，而是一籃子貨幣作為確定人民幣匯率的浮動匯率制度管理的基礎。然而，據學者考證，中國人民銀行在確定人民幣匯率的時候主要是參照美元的匯率，而不是一籃子貨幣。

此外根據利率平價理論，國際金融理論，兩國之間的利率差異也對匯價影響的原因。目前，中國的主要利率都受到了一定程度的控制，利率不能真實反映國內資本市場的供給和需求，從而帶動了國內金融市場的產品價格扭曲。香港的利率和內地比較，前者以市場為導向，由市場供求決定存款利率，而后者則以金融宏觀政策決定，并且比前者高出許多。因此，兩者之間的價差出現，導致不少香港銀行的人民幣存款都轉存在大陸，這不利于離岸人民幣的良性的回流，而且給中國大陸的貨幣政策也帶來了不小的沖擊。