16S rRNA

16s rRNA結構

大體結構如下：


摘自聯川生物

不同物種高變區域起始和終止位置稍有不同。

16s rRNA二級和三級結構，doi: 10.1186/s12859-016-0992-y

16s rRNA序列提取

  • 根據gff，基因類型只保留rRNA，剔除exon和CDS。github找到一個腳本.

  • 16S rRNA預測工具barrnap.

注意16s rRNA多拷貝問題。

提取高變區

16S rRNA高變區計算參考doi: 10.1016/j.mimet.2007.02.005。文章大意是下載target species所有16S rRNA序列進行ClustalW多比對。

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