什么是16S rRNA？
16S rRNA是原核生物的核糖體中30S亞基的組成部分，長度約為1542nt，具有高度的保守性和特異性。16S rRNA基因是細菌上編碼rRNA相對應的DNA序列，存在于所有細菌的基因組中。16S rRNA基因包括保守區(qū)和可變區(qū)，保守區(qū)反映了物種間的親緣關系，而可變區(qū)則反映了物種間的差異。16S rRNA基因測序一般是利用MiSeq對16S rRNA基因的V3-V4可變區(qū)進行測序，以此來研究微生物多樣性。
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Fadrosh等采用改善的雙端index方法對V3-V4進行測序：
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16S rRNA基因測序一般包括基因組DNA提取，目的片段PCR擴增及文庫構建，測序，生物信息分析等步驟。常用的生物信息分析軟件主要是QIIME，這是一款16S分析神器，包括OTU聚類及多樣性等多種分析，而且還有詳細的文檔說明。
16S rRNA基因測序常見名詞解釋：
OTU：(operational taxonomic unit)，即操作分類單元，通過相似性對個體進行分組，根據(jù)序列彼此的相似性進行聚類，然后基于設置的相似性閾值（通常為97％相似性）來定義OTU，簡而言之，每個OTU代表一種16S rRNA，所以一個OTU對應于一個物種。通過OTU分析就可以知道樣品中的微生物多樣性和豐度。
Alpha多樣性：即一個樣品內(nèi)的微生物多樣性，常見的度量指標有Chao1 richness estimator，Shannon diversity index和Simpson diversity index等。
Beta多樣性：即不同樣品間的微生物多樣性，衡量不同樣品之間的差別。
稀釋曲線：從樣品中抽取一定數(shù)量的reads，統(tǒng)計這些reads所代表的OTU。稀釋曲線可以用來衡量測序數(shù)據(jù)量是否合理，并間接反映樣品中物種的豐富程度。
