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在mirdeep軟件的分析結果中，會提供miRNA前體的二級結構，這個結果實際上是通過調用RNAfold來實現(xiàn)的，該軟件是一個經典的預測RNA二級結構的軟件，網址如下
http://rna.tbi.univie.ac.at//cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi
官網提供了在線服務，只需要上傳fasta格式的序列即可，示意如下
默認參數(shù)會輸出以下兩種二級結構
1. optimal secondary structure
最佳二級結構，保證對應的自由能最小，最小自由能簡稱MFE, 結果示意如下
2. centroid secondary structure
自由能表征改變這個結構需要注入的能量大小，對應的數(shù)值越小，該結構越穩(wěn)定。
同時給出了可視化結果，示意如下
這個程序也是可以下載到本地運行的，基本用法如下
RNAfold < hsa.hairpin.fa -noPS > precursors.str-noPS參數(shù)代表不產生二級結構對應的postscript文件，這種文件可以轉換為PDF格式，產生的str文件內容如下
>hsa-let-7a-1
UGGGAUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUUUAGGGUCACACCCACCACUGGGAGAUAACUAUACAAUCUACUGUCUUUCCUA
(((((.(((..((((((((((((((((...(((.....))).((....))....))))))))))))))))..)))))))) (-35.60)采用dot-bracket表示法標記二級結構，上述用法只給出了最佳的二級結構預測結果和對應的自由能。
·end·
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