已經第6天了，好快，今日學習tidyr包。內容及代碼來自微信公眾號生信星球

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R包說明書

安裝tidyr包

install.packages("tidyr")
如果下載很慢，在tools-Global options-Package-CRAN mirror選中國的

加載tidyr包

library(tidyr)

實例一

a<-data.frame(GeneId = rep("gene5",times=3),SampleName =paste("Sample",1:3,sep=""),Expression=c(14,19,18))

說明：

rep，重復，括號中填要重復的字符和重復次數。

試了下括號中的times也可以換成rep

rep

paste，連接兩個字符串，括號要填兩個代連接字符并指定分隔符（sep），沒有分隔符就填sep=“”。

試了下沒有分隔符也可以不填sep=“”？

sep=“”

1. 1：3表示從1到三。如需一列中需要填入三個無規律的數字，可以用向量c(1，3，4)，同樣如果填的是字符串也需要加雙引號，例如c("doudou","huahua","xiaoyu")。
2. 了解概念：key-value--“鍵值對” ，表示一種對應關系。“鍵”和“值”都是列名，如SampleName和Expression的對應。
3. 函數后面一般都要加括號，括號里第一個參數是都數據框名
4. 字符串要加雙引號（行名和列名也是字符串，但是可以不用加），其他單元格（姑且這么叫了）里出現的字符串要加。

Tidy Data

每個變量（variable）占一列，每個case和observation占一行。

• 1.Reshape Data
• 1.1 gather
  建立數據框
  Damon<-data.frame(country=c('A','B','C'),"1999"=paste(c(0.7,37,212),"K"),"2000"=paste(c(2,80,213),"K"))

列名是數字，不論加雙引號、單引號還是反引號都可以，但是不能不加引號，如果列名為字母，則可不加引號。

列名引號

注意這個顯示表格的時候，會自動在數字列名前面加上個x(大寫的)，所以gather代碼應該為：
gather(a,X1999,X2000,key = "year",value = "cases")
括號里順序分別為：數據框名，需合并的列名（兩個），合并后的key列名，value列名。
key，value可以省略，
gather(a,"year","cases",X1999,X2000) #推薦的偷懶做法
gather(a,year,cases,-country) #-country的意思就是合并除country外剩下的列。

• 1.2 spread
  與gather相反，合并case。
  spread（向量名，列名1，列名2)

• 2.Handle Missing Values
  處理空值（我曾經的痛?。?/p>

• 2.1讀取矩陣txt推薦：
  X<-read.csv('doudou.txt') 默認分隔符是“，”，導出時也不會默認加引號。

導入：X<-read.csv('doudou.csv')
導出：write.csv(X,'doudou.csv')

• 2.2 刪除空值
  drop_na()：有空值的，整行/列刪除掉
  drop_na(X,X2) X2列刪掉
• 2.3 fill()，根據上一行的數值填充上
  fill(X,X2)
• 2.4 replace_na()，空值填進去特定的一個數值
  括號里填數據框名，要填的列名=要填的值
  replace_na(X,list(X2=2))
  ps：我以前在基因矩陣因為有空值，所以每個值加了0.1 囧rz，如下

rt=read.table("damon_0.1.txt",sep="\t",header=T)
rt=as.matrix(rt)
rt=rt+0.1

• 3.Expand Tables

• 3.1 complete（把空值的位置補全）
  complete(X,nesting(X1),fill = list(X2=5)) 空值等于5，跟前面一樣。
  注：X1是指所有不用填充的列，可以很多，用逗號隔開

• 3.2 expand(排列組合)
  expand(向量名，列1，列2，列3)
  

  生信星球截圖

• 4.split cells

• 4.1 separate：按列分割
  separate(table3,rate ,into =c("cases","pop"))

• 4.2 separate_rows：按行分割
  separate_rows(table3,rate)

tidyr_cheat sheet

• 4.3 unite：分割完了再合并回去
  unite(table5,century,year,col="year",sep="")

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