初讀日本歷史難免都會有以下幾個疑問，1）、為何日本天皇的繼承被稱為“萬世一系”，而從沒有被打斷呢？2）、為何日本的“大化革新”，是全方面向唐朝學習的，而在當時隋唐極為先進的人才選拔制度“科舉制”卻沒有能在日本扎下根呢？3）、為何豐臣秀吉明明清楚德川家康是豐臣氏最大的威脅卻沒有將德川家康除掉呢？
要消除這些疑惑，可以將日本的歷史與中國的歷史甚至朝鮮的歷史相對照，就會發現在明治維新之前的日本沒有實現過真正意義上的國家統一，日本幕府時期的國家統一是一種迥異於中國的那種中央集權式的統一。
雖說豐臣秀吉、德川家康平定了全倭， 統一了全日本。但顯然是與秦朝統一六國、將關東六國舊有勢力徹底根除的形式不同的。豐臣秀吉就是通過“質母嫁妹”的方式來換取德川家康臣服的，對其它大名的控制也不過是在名分上迫其臣服而已，讓他們承擔相應的義務而已，并沒有在實質上改變日本原有的大名割據局面。只是從互不相服的局面到了有一個“帶頭大哥”而已。
名義上的“太閣”也好、“征夷大將軍”也好，其實都不過是大名之長而已，而非大名之君。猶如春秋時期的“五霸”、楚漢之際的“西楚霸王”，名義上主宰著整個天下，實際上只能施令於自己直接控制的那片區域。各藩的武士只向各藩的藩主效忠，并不直接效忠于幕府，一個國家連軍隊的效忠對象都各不相同，又怎么能談得上是統一的國家呢？
豐臣氏、德川氏以及之前的兩個幕府時代都不能干涉到各藩的具體藩政，所以像“科舉制”這種只適宜在集權式國家施行的人才選拔制度才難以在日本的土壤上扎根。這種形式上的國家統一只是表面上的統一，所以德川家康能夠在豐臣秀吉死后不久就取代了豐臣氏。豐臣秀吉明知道德川家康是豐臣氏的最大威脅，但卻拿德川家康沒絲毫辦法。如果沒有德川家康的確鑿不臣把柄就強行除掉德川家康的話就會失去了維持這套分封制度的一整套秩序，就會滋生出N個德川家康來，毛利氏、島津氏、上杉氏、伊達氏都有可能成為潛在的德川家康。就像鴻門宴上項羽想殺劉邦，但總不能以臆斷劉邦有野心就把劉邦殺了一樣，如此可殺，那么天下誰人不可殺呢？
過去有副對聯，上聯是：百行孝為先，論心不論事，論事貧家無孝子。下聯是：萬惡淫為首，論事不論心，論心古今無完人。以心論罪，那么誰人無罪？販夫走卒都有臆想成為天子的，更何況那些有實力角逐天下的諸侯、大名們。沒有重大把柄在手就將對方除去的話，那么自己將以何種道義與法理來號令大名、諸侯呢？。
明治維新倒幕四藩中的兩大主力-----長州毛利氏、薩摩島津氏，在關原之戰時就是站在豐臣氏一邊與德川家康對抗的主力。德川幕府建立后，雖對這些外樣大名多加防范，但除了制定繁瑣的“參覲交代"以消耗其財力來讓其無能力與幕府對抗外，也就別無良方了。日本的多山地、寡平原地形特別適合大名割據，使得統一的成本實在過大。
直到近代明治維新、廢藩置縣后，才在實際上使日本得到了第一次國家統一 。雖然依舊有藩閥的影子，軍隊的編制依舊按照過去的藩縣地域而編制。長州藩主導的日本陸軍與薩摩藩主導的日本海軍有種種的不和存在，但他們卻有了統一的效忠對象---日本天皇，日本的軍隊也統稱為皇軍了。才越來越把天皇當成“神”一樣的供奉了，而不像過去那樣只是敬而遠之了。
日本天皇的所謂”萬世一系“之所以能夠維持就在於日本一直處于這種分封割據狀態，又孤懸海外，無外來勢力侵占的結果。如果中國一直處于春秋時期那種狀態，那么至今仍奉“周天子”的話，也情屬當然了。
所以，日本的德川幕府在日本歷史中的真實地位其實是大致相當于我們春秋時代的齊桓公、晉文公的地位一樣。
