image
這個block是circos內(nèi)置的block
之一,其配置文件為軟件安裝目錄下的etc/image.conf
。內(nèi)容為
默認(rèn)的image
的配置由兩個文件決定
image.generic.conf
background.white.conf
image.generic.conf
文件內(nèi)容如下
包含以下幾個屬性
dir
dir
指定生成的圖片的目錄,.
代表當(dāng)前目錄file
file
指定生成的圖片的名字,默認(rèn)為circos.png
png
png
指定生成的圖片的格式,yes
代表生成png格式的圖片svg
svg
指定生成的圖片的格式,yes
代表生成svg格式的圖片radius
radius
指定圖片半徑的大小,由于circos
是圓形布局,所以用圓的半徑來控制圖片大小,生成的圖片是正方形的,邊長為2 * radius
angle_offset
angle_offset
指定起始染色體的偏移角度,默認(rèn)起始的角度為0
度,對應(yīng)表盤上3點鐘位置,angle_offset = -90
, 第一條染色體位于表盤上12點鐘位置,auto_alpha_colors
auto_alpha_colors
代筆對顏色添加透明度,在原來RGB顏色的基礎(chǔ)上,添加一個alpha透明度屬性,auto_alpha_step
auto_alpha_step
指定透明度的大小,取值范圍0-100, 默認(rèn)值為5
background.white.conf
文件只有一行內(nèi)容
background = white
指定生成的圖片的背景色,可以看到這里為白色,所以默認(rèn)生成的圖片背景色都為白色。
在使用時,我們通常只調(diào)用系統(tǒng)內(nèi)置的image
的配置文件就可以了,寫法如下
此時image
的相關(guān)配置就是系統(tǒng)默認(rèn)配置,當(dāng)我們想要改變其中某項默認(rèn)配置時,比如修改背景色為黑色,需要使用*
操作符,示例如下
在想要修改的參數(shù)后面添加*
, 然后重新賦值即可。
對于background
, 有兩點需要注意
1.背景色可以設(shè)置成透明
寫法如下
background = transparent
2.背景除了可以是顏色之外,也可以是另外一幅圖
寫法如下:
background = background.png
要求背景圖片的格式必須為png
,而且大小必須和輸出圖片的大小完全一致。
最后看一個更換背景色的例子