R語言學習-GEO數據挖掘

根據教程準備試著處理一下GSE的其他數據,發現對于多組數據很難簡單的復現,待后續探索完善再補更;先復習LINUX;

(1)下載數據及讀取

rm(list = ls())

options(stringsAsFactors = F)

library(GEOquery)

eSet <- getGEO("GSE94648",

? ? ? ? ? ? ? destdir = '.',

? ? ? ? ? ? ? getGPL = F)

exp <- exprs(eSet[[1]])

exp[1:4,1:4]

pd <- pData(eSet[[1]])

gpl <- eSet[[1]]@annotation

save(pd,exp,gpl,file = "step1output.Rdata")

(2)多組數據GEO的R包處理

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