根據教程準備試著處理一下GSE的其他數據,發現對于多組數據很難簡單的復現,待后續探索完善再補更;先復習LINUX;
(1)下載數據及讀取
rm(list = ls())
options(stringsAsFactors = F)
library(GEOquery)
eSet <- getGEO("GSE94648",
? ? ? ? ? ? ? destdir = '.',
? ? ? ? ? ? ? getGPL = F)
exp <- exprs(eSet[[1]])
exp[1:4,1:4]
pd <- pData(eSet[[1]])
gpl <- eSet[[1]]@annotation
save(pd,exp,gpl,file = "step1output.Rdata")
(2)多組數據GEO的R包處理