擬時間分析比較
http://genome.annoroad.com/News/Industry/1061.html
Velocity
在原有的UMAP上標(biāo)注RNA velocity:https://cloud.tencent.com/developer/article/1620345
用Seurat做RNA Velocity:?https://cloud.tencent.com/developer/article/1611587
Estimation on 10x data using loom and pagoda2:?http://pklab.med.harvard.edu/velocyto/notebooks/R/DG1.nb.html
RNA速度-RNA velocity是什么:?http://renyx.top/2019/11/01/RNA%E9%80%9F%E5%BA%A6-RNA-velocity%E6%98%AF%E4%BB%80%E4%B9%88/
Cell velocity:?https://lazappi.github.io/phd-thesis-analysis/06-velocyto.html
Seurat2 with Veloctyo.R:?https://github.com/velocyto-team/velocyto.R/issues/16
Estimating RNA Velocity using Seurat:?https://github.com/satijalab/seurat-wrappers/blob/master/docs/velocity.md
velocyto簡單使用:?https://www.cnblogs.com/raisok/p/12425258.html
想分析單細(xì)胞RNA的動態(tài)變化？:?https://wemp.app/posts/a33cc393-7255-4a7f-9f48-1b5bb15a118e
RNA velocity with kallisto | bus and velocyto.R:?https://bustools.github.io/BUS_notebooks_R/velocity.html
RNA velocity | RNA速率:?https://www.cnblogs.com/leezx/p/9504896.html
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析|| scVelo 教程：RNA速率分析工具：http://www.lxweimin.com/p/1e7acde1a318
Monocle2
? ? ? ? 首先是自己使用monocle2的體會，一旦細(xì)胞數(shù)超過30k，monocel2便不能運(yùn)行。但我查到一些帖子，有人也有用40k成功分析。如果有朋友遇到過類似的問題，可以一起探討。
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Monocle2 &?Diffusion map:?https://nbisweden.github.io/excelerate-scRNAseq/session-trajectories/session-trajectories.html
Monocle2 踩坑教程:?https://cloud.tencent.com/developer/article/1606510
使用monocle包進(jìn)行pseudotime分析:?http://www.lxweimin.com/p/5d65c8a8671b
用Monocle進(jìn)行偽時間分析:?http://www.lxweimin.com/p/aaa0c768c861
Monocle擬時間分析:?http://www.lxweimin.com/p/12ce02a032f9
使用monocle做單細(xì)胞譜系發(fā)育:?https://zhuanlan.zhihu.com/p/111921087
monocle分析及結(jié)果解讀:?http://www.lxweimin.com/p/e79ab1cc0a67
customer-defined colors：https://github.com/cole-trapnell-lab/monocle-release/issues/139
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Monocle3
monocle3 的安裝:?http://www.lxweimin.com/p/79886c1affe5
scRNA-seq數(shù)據(jù)分析 || Monocle3:?http://www.lxweimin.com/p/e94cff521ebc
使用Monocle3對多樣本單細(xì)胞數(shù)據(jù)進(jìn)行偽時間分析:?https://www.hongguangblog.cn/archives/monocle3
跟著官網(wǎng)學(xué)習(xí)單細(xì)胞Monocle3:?http://www.lxweimin.com/p/8f57ac63f399
擬時序分析后細(xì)胞類型按照不同state進(jìn)行區(qū)分：http://www.bio-info-trainee.com/6293.html
單細(xì)胞測序第四期: 用Monocle進(jìn)行偽時間分析：http://www.sci666.com.cn/1469.html
單細(xì)胞測序分析之Monocle2包學(xué)習(xí)筆記：http://www.lxweimin.com/p/f6186755aae5
dyno
dyno使用教程--1個R包實(shí)現(xiàn)59種單細(xì)胞軌跡推斷分析:?https://cloud.tencent.com/developer/article/1606759
velocyto
Running velocyto on multiple samples with 10X：https://github.com/velocyto-team/velocyto.R/issues/54
