關于circRNA,科研汪們都不陌生,而關于circRNA我們知道最多的則是其在轉錄和基因表達調控方面起著舉足輕重的作用,而今年國自然科學基金獲批的與circRNA有關的項目也達到了164項,所以,不蹭國自然的熱點怎么行。
之前我們已經寫過兩篇文章來介紹關于circRNA的研究思路,這里我們放上鏈接,感興趣的同學可以自行打開閱讀或留言:
5分文章有多難?circRNA表示無壓力???
聽說你對circRNA感興趣?不妨進來看看????
而近幾年,越來越多的研究發現circRNA還具有編碼功能,那今天我們就來介紹第三種circRNA的研究思路,即具有編碼功能的circRNA的研究思路是怎樣開展。
今天介紹的這篇文章發表在《JNCI-Journal of the National Cancer Institute》(JNCI-J NATL CANCER I)期刊上,影響因子11.238,此期刊的舊名字為《J NATL CANCER I》,目前被最新的JCR期刊引證報告收錄。
我們來看該文章的內容:
1.?首先作者對來自臨床膠質母細胞瘤組織及其配對相鄰正常組織的核糖體總RNA進行RNA-seq分析,建立一個circRNA譜數據庫,篩選出在癌癥組織和正常組織中差異表達的基因,最后確定由FBXW7(RPKM=9.31)基因的外顯子3和外顯子4環化形成的_circ_022705作為研究人員的研究對象;
2.?采用PCR和Sanger測序技術對篩選出的目標circRNA進行鑒定;
3.?接下來作者分析了circ-FBXW7中假定的開放閱讀框,對circ-FBXW7的編碼能力做一個評價,證明circ-FBXW7可翻譯蛋白質。
4.?對circ-FBXW7編碼的蛋白質進行細胞功能驗證:作者構建了線性FBXW7-FLAG載體來建立穩定高表達U251和U373細胞的FBXW7-185aa,之后檢測細胞周期和細胞增殖,結果表明,FBXW7-185aa可以引起細胞周期阻滯,減少膠質瘤細胞的增殖。
5.?之后作者對circ-FBXW7翻譯蛋白質的分子機制進行了探討:有證據闡明FBXW7-185aa與USP28和“釋放”FBXW7α競爭性相互作用來降解c-Myc;
6.?最后為了討論circ-FBXW7和FBXW-185aa的臨床意義,作者又檢測了腫瘤患者體內的癌變組織和癌旁正常組織中的FBXW7-185aa和circ-FBXW7表達。
文章的研究思路大致就是這樣,現在我們總結一下:作者首先運用生信分析的方法篩選出感興趣的circRNA,然后對此circRNA進行鑒定,之后對其編碼能力做鑒定,證明其可翻譯成蛋白質,證明完后,作者又對其翻譯的蛋白質進行了生物學功能驗證,之后對它作用的分子機制進行探討,最后進行體內實驗,檢測臨床標本來說明臨床意義。
科研汪們有沒有get到這個新思路呢,目前關于circRNA研究的主流方向是之前我們介紹過的兩種思路,而在該方向的研究報道還較少,正因為比較新穎,所以會不會對你們有什么啟發呢?
或者大家有什么別的想法,歡迎在評論區留言,我們一起來探討~
參考文獻(圖片來自文獻):
Yang?Y,?Gao?X,?Zhang?M,?et?al.?Novel?Role?of?FBXW7?Circular?RNA?in?Repressing?Glioma?Tumorigenesis.[J].?Journal?of?the?National?Cancer?Institute,?2018,?110(3).?
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