Kawamura K., Kawanabe T., Shimizu M., Nagano A. J., Saeki N., Okazaki K., Kaji M., Dennis E. S., Osabe K., Fujimoto R., 2016 Genetic distance of inbred lines of Chinese cabbage and its relationship to heterosis. Plant Gene 5: 1–7.
大白菜(Brassica rapa L.變種pekinensis)是亞洲的一種重要菜。大多數日本大白菜的商業栽培品種使用F1雜交種子生產系統,因為產生高產量栽培品種。期望一種用于預測親代中的雜交性能的有效方法,并且親本系之間的遺傳距離可以是雜交中雜種優勢水平的良好指示
。關于親本候選近交系之間的遺傳關系的信息對于品種保護是有用的。可用于評估近交系純度的DNA標記物的數量在蕪菁中有限。這項研究的目的是使用DNA標記來評估近交系之間的遺傳距離,以檢查早期發育和產量雜種優勢,以便開發選擇最佳親本品系以產生雜種的方法。我們篩選高度多態性SSR和CAPS標記,以評估近交系的遺傳一致性和表征其遺傳關系
。我們檢查了大白菜32 F1雜交種的早期大小和產量雜種優勢。在播種后21天和收獲的生物量之間的葉片大小之間的中親本雜種優勢具有中等相關性,但是在最佳親本雜種優勢中不存在
。相反,遺傳距離和中親或最佳親本雜種優勢之間沒有相關性,表明遺傳距離不能預測雜種優勢表型
。
1.介紹甘藍包含商業上重要的蔬菜作物
包括大白菜(北美白菜),白菜(中華白菜)和小松(var.perviridis),根菜類包括蕪菁(var.lapa)和油菜(var.perifera)。大白菜形成有大淡綠色的葉子和寬白色尾標的頭并且是在亞洲的一重要菜。由于大白菜(Chiifu-401-42)的基因組序列已經釋放,蕪菁與模式植物擬南芥(The Brassica rapa Genome Sequencing Project Consortium,2011)有關,所以詳細的遺傳和進化研究已成為可能。
在日本,大白菜的大多數商業栽培品種是F1水稻,因為它們具有農業效益,例如高產量,脅迫耐受性,抗病性和一致的表型。雜交育種來自雜種優勢或雜交優勢的發現,雜交優勢被定義為雜交植物優于父母的性能(Crow,1998)。當育種F1雜交品種時,育種者開發精品純品系(近交系)作為雜種生產的親本。發展近交系作為親本候選者需要大約五至七代基于與育種目的有關的性狀的自交和選擇。近交系的所有可能組合的雜交的雜種水平用于鑒定F1雜種代的合適的親本。因為混合生產可能是昂貴,耗時和勞動密集型的,所以期望用于預測親本世代中的雜交性能的有效方法。遺傳距離和雜種優勢之間的關系是有爭議的(Barth et al。,2003; Dreisigacker et al。,2005; Flint-Garcia et al。,2009; Geleta et al。 。,2004; Meyer et al。,2004; Yu et al。,2005)。關于親本候選近交系之間的遺傳關系的信息也可用于品種保護。存在各種類型的DNA標記,例如裂解擴增多態性序列(CAPS),擴增片段長度多態性(AFLP),隨機擴增多態性DNA(RAPD),簡單序列重復(SSR),單核苷酸多態性(SNP)插入/缺失多態性(InDel)標記。 SSR標記已被廣泛使用,因為高多態性,重復性,共顯性遺傳和全基因組覆蓋。此外,SSR標記物僅需要少量的PCR用于PCR,并且可以用于高通量分析。 SSR標記已廣泛用于檢測遺傳多樣性和制備遺傳連鎖圖譜,許多SSR標記可用于蕓苔屬(Guo等人,2014; Hatakeyama等人,2010; Lowe等人,2004; Pino Del Carpio等人2011; Ramchiary等人,2011; Suwabe等人,2002; Suwabe等人,2006)。測序技術使得我們能夠容易地鑒定SNP,并且SNP在蕪菁基因組中廣泛擴散(Metzker,2010; Rafalski,2002)。在編碼區域通過RNA測序(RNA-seq)檢測的SNP用于開發基于基因的標記(Paritosh等,2013)。限制性位點相關DNA測序(RAD-seq),其中側翼區從特異性限制性位點測序,可用于開發DNA標記和高通量基因分型(Baird等人,2008)。這項研究的目的是審查使用DNA標記來增強育種的可能性。我們專注于遺傳距離和雜種優勢之間的關系。我們確定高度多態性DNA標記計算遺傳距離或評估大白菜近交系純合性,并檢查由DNAmarkers計算的雜種優勢和遺傳距離之間的關系。在這項研究中獲得的信息將有助于在蕓苔的育種。