Getorganelle依賴Bowtie2，需要先安裝Bowtie2
參考了這位老師的教程：linux下bowtie2安裝_linux 下載bowtie2-CSDN博客
下載：
wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.4.4/bowtie2-2.4.4-linux-x86_64.zip/download
解壓：
unzip bowtie2-2.4.4-linux-x86_64.zip
添加環(huán)境變量：
vim ~/.bashrc
export PATH="路徑/bowtie2-2.4.4-linux-x86_64/:$PATH"
Getorganelle配環(huán)境、安裝
官方文檔：GitHub - Kinggerm/GetOrganelle: Organelle Genome Assembly Toolkit (Chloroplast/Mitocondrial/ITS)
conda創(chuàng)建環(huán)境
conda create -n getorganelle
激活環(huán)境
conda activate getorganelle
安裝Getorganelle
conda install -c bioconda getorganelle
下載數(shù)據(jù)庫(kù)
get_organelle_config.py --add animal_mt
- --add 后面放所需數(shù)據(jù)庫(kù)，這里演示的是動(dòng)物的
| 數(shù)據(jù)庫(kù)名稱 | 含義 |
|---|---|
| embplant_pt | 高等植物質(zhì)體基因組庫(kù) |
| embplant_mt | 高等植物線粒體基因組庫(kù) |
| other_pt | 其他植物質(zhì)體基因組庫(kù) |
| fungus_mt | 真菌線粒體基因組庫(kù) |
| animal_mt | 動(dòng)物線粒體基因組庫(kù) |
| embplant_nr | 高等植物核糖體DNA庫(kù) |
| fungus_nr | 真菌核糖體DNA庫(kù) |
組裝線粒體基因組
get_organelle_from_reads.py -1 /data/01/user246/LZY/Ctenomys/00/MNT265_clean_1.fq.gz -2 /data/01/user246/LZY/Ctenomys/00/MNT265_clean_2.fq.gz -o MNT265_out -R 50 -k 21,55,85 -F animal_mt
- -1、-2 參數(shù)后面分別放雙端的兩個(gè)文件
- -o 參數(shù)后面放輸出到哪個(gè)目錄
- -F 表示與哪一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)，這里是animal_mt（動(dòng)物線粒體）
- -R 最短read的長(zhǎng)度（50），意思就是只取50bp以上的reads分析
- -K 指定k-mer長(zhǎng)度，這里是21、55 和 85
運(yùn)行結(jié)果
單個(gè)樣本運(yùn)行結(jié)果.png
