1、列出本地鏡像
docker images
2、下載鏡像
docker pull ubuntu:latest
其中 ubuntu代表鏡像名，latest代表版本號
3、進入鏡像
docker run -i -t --rm ubuntu:latest /bin/bash
-t: 在新容器內指定一個偽終端或終端。
-i: 允許對容器內的標準輸入 (STDIN) 進行交互。
--rm: 退出終端后自動刪除容器
4、搜索鏡像
docker search ubuntu
5、修改容器獲得鏡像
創建鏡像一般有兩種方式，一種是通過docker pull一個基礎鏡像，然后通過docker run在鏡像中進行各種軟件安裝。基礎步驟如下
- 進入鏡像
docker run -i ubuntu:latest -t /bin/bash - 對鏡像進行修改，比如安裝一個python包，然后新開一個窗口查看該容器ID（exit退出后無法查看該容器ID）
- 使用
docker ps查看當前容器id，這里為3ada579fc556
image.png - 通過命令 docker commit來提交容器副本
docker commit -m “transvar fixed” -a="fxn" ada579fc556 transvar:v2.0
此命令根據容器id（ada579fc556），將修改后的容器重新提交為鏡像模板（transvar:v2.0），其中
-m： 提交的描述信息
-a： 指定鏡像作者
ada579fc556： 容器ID
transvar:v2.0： 指定要創建的目標鏡像名
6、從Dockerfile創建鏡像
構建鏡像的另外一種方式就是從Dockerfile 構建鏡像，具體方法如下：
首先創建Dockerfile文件，然后寫入指令來告訴 Docker 如何構建我們的鏡像 ：
FROM ubuntu:latest
MAINTAINER "Chris Miller" <c.a.miller@wustl.edu>
ARG DEBIAN_FRONTEND=noninteractive
RUN apt-get update -y && \
agt-get install \
build-essential \
bzip2 \
cmake \
default-jre \
g++ \
git \
libbz2-dev \
liblzma-dev \
libncurses5 \
libtbb2 \
libtbb-dev \
make \
ncurses-dev \
wget \
xz-utils \
zlib1g-dev -y \
perl \
autoconf \
automake \
libcurl4-gnutls-dev \
libssl-dev \
libperl-dev \
libgsl0-dev \
pigz
WORKDIR /softs
#htslib
ENV HTSLIB_INSTALL_DIR=/opt/htslib
RUN wget -c https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.3.2/htslib-1.3.2.tar.bz2 && \
tar --bzip2 -xvf htslib-1.3.2.tar.bz2 && \
cd /softs/htslib-1.3.2 && \
./configure --enable-plugins --prefix=$HTSLIB_INSTALL_DIR && \
make && \
make install && \
cp $HTSLIB_INSTALL_DIR/lib/libhts.so* /usr/lib/
#sambamba
RUN mkdir /opt/sambamba/ \
&& wget -c https://github.com/lomereiter/sambamba/releases/download/v0.6.4/sambamba_v0.6.4_linux.tar.bz2 \
&& tar --extract --bzip2 --directory=/opt/sambamba --file=sambamba_v0.6.4_linux.tar.bz2 \
&& ln -s /opt/sambamba/sambamba_v0.6.4 /usr/bin/sambamba
ADD sambamba_merge /usr/bin/
RUN chmod +x /usr/bin/sambamba_merge
#picard
ADD picard.jar ./
#bedtools
RUN mkdir /opt/bedtools && cd /opt/bedtools && wget -c https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.29.2/bedtools.static.binary && \
chmod +x /opt/bedtools/bedtools.static.binary && \
ln -s /opt/bedtools/bedtools.static.binary /usr/bin/bedtools
#bwa
RUN mkdir bwa &&\
cd bwa &&\
wget https://github.com/lh3/bwa/releases/download/v0.7.17/bwa-0.7.17.tar.bz2 &&\
tar -xjf bwa-0.7.17.tar.bz2 && \
rm bwa-0.7.17.tar.bz2 && \
cd bwa-0.7.17 && \
make && \
ln -s /softs/bwa/bwa-0.7.17/bwa /usr/bin/bwa
#samtools
RUN mkdir samtools && \
cd samtools && \
wget -c https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.9/samtools-1.9.tar.bz2 && \
tar -xjf samtools-1.9.tar.bz2 && \
rm samtools-1.9.tar.bz2 && \
cd samtools-1.9 && \
./configure && \
make && \
make install && \
ln -s /softs/samtools/samtools-1.9/samtools /usr/bin/samtools
# get bcftools and make /data
RUN mkdir bcftools && \
wget -c https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.10.2/bcftools-1.10.2.tar.bz2 && \
tar -vxjf bcftools-1.10.2.tar.bz2 -C bcftools --strip-components 1 && \
rm bcftools-1.10.2.tar.bz2 && \
cd bcftools && \
make && \
make install && \
ln -s /softs/bcftools/bcftools /usr/bin/bcftools
FROM: 指定使用哪個鏡像源
RUN: 告訴docker 在鏡像內執行命令
然后，我們使用 Dockerfile 文件，通過 docker build 命令來構建一個鏡像:
docker build -t dnapip:1.0 ./
-t: 指定要創建的目標鏡像名
./: Dockerfile 文件所在目錄
7、為鏡像添加新標簽
為ID為fce6b37c3237的鏡像添加addtag_test標簽：
docker tag fce6b37c3237 transvar:v03
