做完轉錄組分析完之后，一般會找到一些差異表達的基因。差異表達基因中如果有轉錄因子的話，可以研究一下轉錄因子調控哪些基因的表達。要預測轉錄因子調控的靶基因，需要兩個步驟：
1. 首先需要知道轉錄因子的結合序列特征
2. 基于轉錄因子的結合序列特征去基因上游的promoter區搜索，如果能搜索到結合特征的序列，那么該轉錄因子就有可能調控該靶基因。
今天我們就介紹采用JASPAR網站來完成轉錄因子調控靶基因的預測
轉錄因子結合序列特征的查找
1. 轉錄因子結合序列特征，這個可以采用JASPAR網站（http://jaspar.genereg.net/）中的"Profile Inference" 功能實現。輸入轉錄因子的氨基酸序列，如下圖所示：
2. 預測的結果可能會很多，一般選擇E-value最小的結合Maxtrix作為轉錄因子的結合位點特征，如下圖所示：
3. 查看結合序列的詳細信息：可以下載結合位點的特征信息， 在本地進行轉錄因子調控基因的批量預測，也可以采用JASPAR 網站提供的scan功能，進行少量基因的調控預測（下面會詳述）。
JASPAR預測轉錄因子靶基因
少量基因啟動子區的結合位點預測可以采用網站提供是“Scan” 實現。具體步驟如下：
1. 首先搜索轉錄因子結合位點: 如上一步"Profile Inference"預測到的轉錄因子結合位點特征
2. 選擇要搜索的轉錄因子結合位點特征
3. 輸入啟動子區的序列，點擊“Scan” 運行
4. 預測結果如下圖所示，會顯示轉錄因子結合位點在promoter區域的位置信息和打分信息：
當然這個網站，只適合對轉錄因子進行少量的靶基因預測，如果需要對大量的靶基因進行預測，需要將轉錄因子結合位點的PFM文件下載到本地，采用一些本地的軟件進行大規模的預測。
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