商鞅在秦國地位很高，商鞅變法使得秦國強盛，但法律很嚴苛，尤其是對哪些貴族，商鞅得罪了不少的老臣和貴族，甚至還有天子等。
公元前338年，秦孝公去世，太子駟即位，即秦惠王。這個時候商鞅的的危機就來了，沒有了秦孝公的堅強后盾。
公子虔等人告發(fā)商鞅“欲反”，秦惠王下令逮捕商鞅。商鞅逃亡至邊關(guān)，欲宿客舍，客舍主人不知他是商君，見他未帶憑證，告以商君之法，留宿無憑證的客人是要治罪的。商鞅想到魏國去，但魏國因他曾生擒公子卬，拒絕他入境。
商鞅回秦后被迫潛回封邑商，發(fā)動邑兵攻打鄭縣（今陜西省華縣），此時也是五路可走了，真正的孤家寡人一個，樹敵太多。秦惠文君派兵攻打，結(jié)果商鞅失敗戰(zhàn)亡。
其尸身被帶回咸陽，處以車裂后示眾，也就是在商鞅死后，尸體被車裂的，不是活著被車裂。秦惠文王同時下令誅滅商鞅全家。商鞅雖然被害，但新法對秦國有用，秦惠文王看到了這點，并未被廢除商鞅變法的東西。
