DESeq2/edgeR
DESeq2和edgeR是RNA-Seq數(shù)據(jù)分析中常用的差異表達(dá)分析軟件，這兩款軟件基于負(fù)二項(xiàng)分布模型，輸入count 數(shù)據(jù)進(jìn)行差異分析。其中DESeq2必須有重復(fù)才能運(yùn)行，edgeR可以基于設(shè)置的離散度進(jìn)行無(wú)重復(fù)比較分析。
參考腳本
## 準(zhǔn)備count表格
S.count.tsv
## 替換掉空格
sed 's/ /_/g' S.count.tsv > S.count.matrix
## 進(jìn)行差異分析
perl run_DE_analysis.pl \
--matrix S.count.matrix \ # count表格
--method DESeq2 \ # 分析方法，可設(shè)置為edgeR
--samples_file sample.txt \ # 樣品分組信息
--output DESeq2_out # 輸出結(jié)果目錄
輸出結(jié)果文件為：S.count.matrix.A_vs_B.DESeq2.DE_results ;
可基于FDR 和 Foldchange 進(jìn)行差異物種篩選。
常用的篩選標(biāo)準(zhǔn)：FDR < 0.05 && |log2(FC)|>1
