因?yàn)橐话惴?wù)器上glibc和gcc的版本較低，使生信軟件的安裝異常費(fèi)時(shí)。利用conda進(jìn)行軟件包的安裝和管理非常的方便便捷，可以規(guī)避gcc版本問題。

然而依然有些服務(wù)器因?yàn)楦鞣N原因不能聯(lián)網(wǎng)，這里記錄一種使用cond在無法聯(lián)網(wǎng)的服務(wù)器安裝軟件的方法。

1、conda的安裝

? ? ?在鏡像https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/?下載anaconda的安裝包。安裝之前請(qǐng)檢測(cè)自己服務(wù)器python的版本。anaconda2 對(duì)應(yīng)python2，anaconda3 對(duì)應(yīng)python3。? ?

然后執(zhí)行：

sh?Anaconda2-5.0.1-Linux-x86_64.sh

根據(jù)提示選擇yes安裝，這里比較簡(jiǎn)單。最后選擇添加到環(huán)境變量。

2、生信軟件安裝，以samtools為例。

打開anaconda 網(wǎng)站?https://anaconda.org/bioconda

搜索Samtools的包，結(jié)果如下

?選擇bioconda頻道下的包，點(diǎn)擊進(jìn)入，點(diǎn)擊files 并選擇適合自己版本和系統(tǒng)的包下載。

#注意區(qū)分py3, py2 和系統(tǒng)。

samtools的包傳到服務(wù)器后，進(jìn)行本地安裝

conda install --use-local /path/to/samtools-1.10-h9402c20_2.tar.bz2

安裝完成后，發(fā)現(xiàn)報(bào)錯(cuò)如下：

這表明，缺失samtools的依賴包，hts。隨后在

繼續(xù)搜索hts，發(fā)現(xiàn)htslib

下載htslib 并安裝，方法如前述。 按照完成后我們發(fā)現(xiàn)，這個(gè)報(bào)錯(cuò)已經(jīng)解決。

libhts缺失的報(bào)錯(cuò)已經(jīng)消失，但是出現(xiàn)一個(gè)新的報(bào)錯(cuò)。這同樣是缺失依賴包，用上述方法把所有依賴包全部安裝。

搞定，Samtools 可以用了。