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tophat-fusion 報錯

RNA-seq 數據檢測融合基因，在 tophat-fusion 這一步報錯：

./SeqAn-1.4.2/seqan/basic/basic_exception.h:236 FAILED!  (Uncaught exception of type St12out_of_range: basic_string::substr)

第一次運行的是 tophat 報這個錯，然后換用 tophat2 重新運行，還是報這個錯。

google 之后發現 biostar 有人給出了解決辦法，很簡單，用tophat2.1.0這個版本就好了！我檢查了一下自己的 tophat2 是 2.1.1 的，重新下載 tophat2.1.0 然后安裝重跑，浪費了我半天時間的 bug 就解決了。

為什么 tophat1 和 tophat2.1.1 都在這里出問題，而唯獨 tophat2.1.0 順利跑完了……

tophat-fusion-post 數據庫配置

從 tophat-fusion 官方站點下載 ensGene.txt 和 refGene.txt，以及 blast 數據庫中的 human*, nt*, other* ，這些數據庫一個都不能少。

更新一個注意事項

tophat-fusion-post 是用來過濾 tophat-fusion 得到的融合基因初步位點，由于 tophat-fusion-post 這一步用的數據庫是 hg18, hg19, hg38 這一系列的，因此在前一步 tophat-fusion 必須也使用 hg 系列來作參考基因組，否則經過過濾之后得不到任何結果，0 位點輸出，而且軟件并不會給出任何錯誤提示。

想必很多用 tophat 分析融合基因的人都被這個點坑過，我分析很有可能是跟參考基因組的染色體名稱是否有 chr 有關系 ……

要規避 phred-33 和 phred-64 之坑，還要規避參考基因組的染色體名稱有無 chr 前綴之坑，真是讓人哭笑不得。