今天的學習內容--R包
一、學會獲取一個R包的說明書
R包都有自己的說明書（cheatsheet），俗稱小抄。
1.去百度/谷歌 XX小抄
2.找Rstuido的cheatsheet網站
https://www.rstudio.com/resources/cheatsheets/
二、初步了解tidyr
它是一個數據處理的起步
功能主要有：
（1）數據框的變形
（2）處理數據框中的空值
（3）根據一個表格衍生出其他表格
（4）實現行或列的分割和合并
這個包是把要用的數據處理成標準而統一的數據框，才能進行進一步的數據處理和作圖，可以說是最基礎的內容！
三、安裝R包
1.準備好Rstudio，設置好工作目錄。
在控制臺輸入：library(tidyr),如果你沒有這個包，就會報錯。
2.下載和安裝tydir：install.packages("tidyr") 注意雙引號不能省
（這里會默認安裝到你的工作目錄里，下載很慢，只要控制臺不出現＞，就一直等著）
可能出現的報錯：
加載tydir：library(tidyr) 沒有報錯就是成功
四、數據框常識
1.新建數據框(這里直接把新建的數據框賦值給了a)
a<-data.frame(GeneId = rep("gene5",times=3),SampleName =paste("Sample",1:3,sep=""),Expression=c(14,19,18))
解釋：
新建一個數據框并賦值給a這個變量。括號里是“列名”=列值，這里列名要加雙引號。這里涉及的幾個給列填充數值的函數有：
（1）rep（"a",times=b）：重復，a代表重復的字符，b是重復次數。
（2）paste（"a","b",sep=""），連接和兩個字符串，括號要填兩個待連接字符串a、b并指定分隔符（sep），沒有分隔符就填sep=“”。
（3）1：3表示從1到三。如需一列中需要填入三個無規律的數字，可以用向量c(1，3，4)，同樣如果填的是字符串也需要加雙引號，例如c("doudou","huahua","xiaoyu")。
2.了解概念：key-value--“鍵值對” ，表示一種對應關系。“鍵”和“值”都是列名，如SampleName和Expression的對應。
3.函數后面一般都要加括號，括號里第一個參數是都數據框名
4.字符串要加雙引號（行名和列名也是字符串，但是可以不用加），其他單元格里出現的字符串要加。
*行 raw
*列 column，簡化寫法為col
得到的結果是：
五、認識Tidy Data
這是一種組織表格數據的方式，提供了一種能夠跨包使用的“統一”的數據格式。即：每個變量（variable）占一列，每個情況（case，姑且這么翻譯）和觀測值（observation）占一行。
六、操作
（一）Reshape Data
gather（數據框名，需要改變的列名（兩個），合并后的key="鍵名"，value="值”）:將不標準的表格變為Tidy Data
spread：將Tidy Data變回去
注意：1.行名為數字時，要加上雙引號，將它變成字符才可以，不然會報錯。2.錄入數字列名時，R會自動在其前加一個‘X’
如果合并前的列名比較多，可以用排除法來偷懶，在上圖例子中可用：gather(a,year,cases,-country) #-country的意思就是合并除country外剩下的列。需合并的列名列在最后(其實個順序才是默認的)，這時key=和value=也可以省略。
（二）Handle Missing Values
處理丟失的數據，就是某些單元格有空值的情況。NA就是空值，新建數據框的時候空著就好。
三種處理方式：
(1).刪除整行
(2).根據上下文（瞎）蒙一個
(3).同一列的空值填上同一個數。
1.讀入數據：
在這里補充下csv的導入和導出方式。
導入：X<-read.csv('doudou.csv')
導出：write.csv(X,'doudou.csv')
2.drop_na(數據框名，有空值的列名)：有空值的，整行刪掉
3.fill(數據框名，有空值的列名):根據上一行的數值填充上
4.replace_na(括號里填數據框名，list(要填的列名=n))，空值填進去特定的一個數值n
（三）Expand Tables
1.complete(數據框名，nesting（沒有空值的列的名字），fill=list（有空值的列名=n）)把空值的位置補全，空值填進去特定的一個數值n。
2.expand（列名）
列出每列中的值的所有組合
（四）split cells
把一列拆開，這一列必須要有分隔符
1.separate:將原列分割為兩列，其他不變。
2.separate_rows:將原列分割為兩行，且新行的其余列的值再copy一份
3.unite：將分割的兩列再合并回去
