? ? ? ? 生信起步第六站-R大哥的“魔法”技能。

之前一直很“怨恨”R包，主要因為各種安裝可能會遇到各種麻煩，但不可否認的是，正是因為這些“麻煩”，才讓我發現R大哥是個很有內涵的家伙，技能很多嘛。今天，他將變身“巴啦啦大魔哥”???♂?，打開他的一個包裹，給我們展示的就是“如何對數據施魔法”。

Tydir包裹準備

一、獲得包裹

（一） 獲取包裹小抄_{（生信星球tidyr）}

（二） 安裝包裹-極簡安包

1 Rstudio控制臺輸入library(tidyr)，檢查是否已經安裝過
2-1安裝過：congratulation！
2-2沒安過：鍵入install.packages("tidyr")自動安裝，再加載tidyr看一下
（若報錯，換國內鏡像：Tools→Global Options→Packages→CRAN mirror→Change→China開頭幾個選項里，哪個近選哪個）

二、了解包裹

（一）認識Tidy Data

Tidy Data我更喜歡把它聯想成R大哥變魔術的輔助動物-那只泰迪熊??：這個泰迪就是一個管理小隊長，可以把數據歸攏的齊齊刷刷???♀?最簡單的理解示例就好比用Excel錄入原始數據，你得把它變成SPSS格式才能進行統計處理吧，tidy就是中間這個“變”的環節。

（二） 初步了解tydir功能

（1）數據框的變形
（2）處理數據框中的空值
（3）根據一個表格衍生出其他表格
（4）實現行或列的分割和合并
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ??數據→數據框→數據處理+作圖

（三）了解數據框

1 新建數據框（直接賦值給bioplanet）

bioplanet<-data.frame(GeneID = rep("gene1",times=4),SampleName =paste("Sample",1:4,sep=""),Expression=c(14,19,18,15))

新建數據框

2 了解含義

• data.frame：數據框。
• rep：重復，括號中填要重復的字符和重復次數。
• sep：分隔符。
• paste：連接兩個字符串。_{括號要填兩個代連接字符并指定分隔符（sep），沒有分隔符就填sep=“”}
• raw行；col列（column）。
• 列名=列值（列名要加雙引號）如："gene1"，"Sample"。
• 概念：key-value--“鍵值對”，是“兩個列名”的一種對應關系，如SampleName和Expression的對應。

3 注意事項

• 函數后面要加括號，括號里第一個參數是數據框名 _{如complete(table,nesting……)里的table}
• 字符串要加雙引號：行名和列名部分可以不用加，但其他里的要加。

施法

1.Reshape Data

歸攏數據

首先，建立一個施法對象--數據

a<-data.frame(country=c("A","B","C"),"1999"=paste(c(0.7,37,212),"K"),"2000"=paste(c(2,80,213),"K"))

新建數據

然后，變變變??

• 標準修改：gather(a,X1999,X2000,key = "year",value = "cases")
  

  標準修改.png

• 簡便修改：gather(a,"year","cases",X1999,X2000)
  

  簡便修改
  
  錯誤修改案例gather(a,X1999,X2000,"year","cases")_{這告訴了我們其所在位置的合理性}
  
  錯誤修改案例

• 排除法修改：gather(a,year,cases,-country)
  

  排除法修改
  
  注：花花說這樣的報錯可以忽略喲~~

2.Handle Missing Values

用于處理丟失的數據_{（就是某些單元格有空值的情況）}。 處理方式如下：
(1)刪除整行
(2)根據上下文（瞎）蒙一個
(3)同一列的空值填上同一個數。

• 導入數據：X<-read.csv('doudou.csv')
• 導出數據：write.csv(X,'doudou.csv')
  
  導入導出數據
• 刪除空值行：drop_na(X,X2)
• 根據上一行填空值：fill(X,X2)
• 空值填特定值：replace_na(X,list(X2=2))
  
  刪除、添加、重填加

3. Expand Tables

補空位和展列表

• complete（把空值的位置補全）
  complete(X,nesting(X1),fill = list(X2=5))
  
  補全空位值(補為5)

• expand（列出每列值所有可能的組合）_{光看括號里的字就能理解我算你贏??}
  expand(Superman,GeneId,SampleName,Expression)
  
  expand一下
  
  看結果是不是就明白點了？是的??
  就是把原來的數據排列組合再生成新表

4.split cells

分分合合

首先建立一個table.txt

table數據

然后，變變變??

這塊呢花花沒有給“投食兒”，所以要根據原示例代碼自學一下。先拿按列分割開刀

separate(data, col, into, sep = “[^[:alnum:]]+”, remove = TRUE,
convert = FALSE, extra = “warn”, fill = “warn”, …)

乍一看，懵了吧？對！那就拆一拆，解讀一下吧~
data：數據框（前面講了，bingo）
col：需要被拆分的列（bingo）
into：新建的列名，為字符串向量
sep：被拆分列的分隔符（bingo）
remove：是否刪除被分割的列（Linux就接觸過了，bingo）

好的，那就試一下吧~

• 按列分割：separate
  

  按列分割的table

• 按行分割：separate_rows
  原理同上，繼續試一試~
  

  按行分割table

• 分割完了再合并回去：unite
  思路：把最原始table的兩列數據拆成了三列，再把這個三列合并回最初的兩列
  

  合并回去

Xmind

Xmind

? ? ? ? 兩天下來，R大哥還是可以的。
? ? ? ? 摒除成見，友好相處，才是王道??
? ? ? ? 深呼吸，放輕松，保持微笑??