大魚海棠開始就說了這么一句詩。“北冥有魚，其名為鯤，鯤之大不知其幾千里也?！?br>

故事講的是一個不是人也不是神的“其他人”的群體，他們居住在人類的海洋底下，他們的水面就是人間的天空。因為他們掌管著人間的各種自然規律，每年孩子都要在成人禮上被送去人間看一看，七天返回。女孩叫椿，這一整個故事都是由椿回憶講述的。

椿也要去人間，走之前，她的媽媽再三叮囑一定要離人類遠遠的，一定不要錯過回來的唯一通道和時間。她們在喝了一種湯之后就進了海洋蛻變成了紅色的海豚離開了。當她到了人間，她在海上遇到了一個男子，他會吹笛子，他會給魚兒喂魚食，他會跳下船兒用大量魚食引來群魚，只為逗妹妹開心。前六天都很順利，第七天，在看見了同類被人類的漁船捕撈之后，她游得太快，一時沒看清楚方向，纏在了兄妹的圍網上。當時海里已有旋渦，但哥哥還是拿著短刀下去解救她，誰知椿誤以為他是來殺她的，他就了椿，椿卻用魚尾傷了他，他隨著旋渦沉到了海底。

心里有愧的椿回到家之后還是放不下那個人間哥哥，她想要讓他復活，如果不是因為她，他不會死的。當她一個人坐在崖邊吹笛子時，石獅子開口了，他給了椿一個像核桃一樣的法器，讓她子時來這里有人接，去找靈婆。說是靈婆，其實是條魚，臉上只有一個眼睛，下面是嘴巴，她說可以用椿一半的壽命來換那個人類的起死回生。椿同意了。她憑借僅有的額頭上的紅疤將那個人間哥哥的靈找了出來，靈婆讓他變成了一條魚。靈婆警告椿，一定要等到它長成大魚有能力回到人間才可以起死回生，在此期間，椿都必須要保護它。

椿去找靈婆的時候她說欠他的，她要還給他。當時靈婆說：“我告訴你什么事最可悲，你遇見一個人，犯了一個錯，你想彌補想還清，到最后才發現你根本無力回天，犯下的罪過永遠無法彌補。”

當她在因為給小魚起名字而犯難的時候，湫來了。湫比椿年長一歲，也早一年看過了人間，他一直在椿的身邊守護著她。因為椿希望這個小魚能夠長大，越大越好。于是，湫便說：“北冥有魚，其名為鯤，鯤之大不知其幾千里也”，人間的哥哥就有了名字，鯤。

鯤慢慢長大，天氣卻越來越古怪，不僅陰雨連綿，連雨水也變咸了，椿的媽媽說，連海水都倒灌了。

終于，椿的媽媽發現了鯤。湫和椿去找鯤的時候，另一個人物登場了，就是鼠婆。人間的好人死了會變成魚，由靈婆看管，壞人就會變成老鼠，由鼠婆看管。鼠婆在見到湫的時候一直說他身上很香，明明他從臭臭的下水道上來的，鼠婆卻說香，預示了湫的身份。鼠婆以和湫共舞一曲的要求幫他們找到了鯤。從此鼠婆也就盯上了他們三個。

鯤越來越大，異象越來越多。夏天飄雪，族人也在暗地里調查著。終于，他們知道了椿在養魚的事，同時，鼠婆傳遞消息給湫，說如果為椿著想就趕緊把鯤扔到冰河里去，要不然他們會把椿殺了的。湫不知有詐，為了保護椿，他就照辦了。椿為了找回鯤也跳進了冰河。其實這都是鼠婆的陰謀。鼠婆只是為了拿到椿身上的笛子——人間的物品。

椿和鯤想盡辦法才從冰河里逃出來，一直在尋找他們的湫將他倆背到了一處院子里。過了一夜，椿醒了。三人逃過一劫。后來，在河邊玩耍時，湫不小心將關在棺材里的雙頭毒蛇放出，自己被咬。椿急忙帶他去找熟知百草的爺爺。爺爺說這種毒無藥可解，又說自己有辦法。他將毒吸入了自己體內，救了湫。沒過多久，爺爺就去世了。他死后變成了一顆海棠樹，奶奶是一只鳳凰，趴在樹上陪著爺爺。

椿想著只要鯤長大了，送回人間，就可以了。可他們不放過鯤，一定要將他置于死地。椿告訴湫，她只有一半的壽命了，希望以后湫能夠照顧她的父母。湫去喝酒了，他在海邊大喊著，發泄著。原來他是天神，為了椿背叛了所有的天神，只為了守護她，可她卻要守護鯤。

湫拿了椿的核桃法器偷偷去找了靈婆，靈婆告訴他鯤有椿一半的壽命，鯤離開的日子就是椿死去的日子。湫為了救椿，做了最冒險的事，偷了面具和法器，想打開去往人間的通道，讓椿一起走，可鯤還是沒有能夠離開，法力不夠的湫沒能安全打開，海底的水一股股地從天空漏進了他們的世界，房屋都被淹了，人們都被沖跑了，椿和鯤被海棠樹的根攔住了，是爺爺救了他們。鯤受傷了，其他人還在攻擊鯤，椿求助于爺爺，爺爺將整個海棠樹燃燒了起來，奶奶急忙趕到，載著椿擋住他們的攻擊。椿說，鯤是無辜的，他必須要回到人間，因為他是為救她而死，他有妹妹在等他。松子是攻擊的人之一，他告訴椿，廷牧的哥哥也死了，是剛剛在水里找不見的。椿看著廷牧是那么的像鯤的妹妹。

海水不斷的涌入。他們用法力搭起來通往最高山頂的橋瑤瑤欲墜。他們合力，卻不讓椿幫忙，眼看大潮涌來，連椿的媽媽也累到在地。椿將自己融入到爺爺的體內，化作了海棠樹的一部分，神力讓海棠樹從海底長到天空，堵住了漏水的洞，也將水里的廷牧哥哥和很多人一起送上了岸。人們安全了，可椿沒有了。鯤看到這一幕，也不走了。

水流安靜以后，鯤折了一根海棠樹枝給了靈婆，靈婆拿出之前椿的一點壽命讓椿起死回生，可是失去了法力，其實是湫用自己的壽命換來了椿的復活。靈婆說已經海陸相接，他們可以去北冥。

椿和鯤還有湫繼續前進，他們白天趕路晚上休息。湫想要從背后擁抱椿，卻始終沒勇氣伸出手。到了北冥，鯤不舍得椿，可他必須走。湫用法力打開了海天通道，鯤走了。湫把核桃法器掰開，讓自己變成了紅色，這是蛻變紅色海豚的前兆。他拉起椿，告訴她她也要和鯤一起去人間。而他也會一直陪著她。然后他們一起跳進海里，在入水之前，湫說，“我會化作人間的風和雨一直陪伴著你”。他的壽命已經用來換椿的了，怎么可能和她一起去人間呢，椿化作了和最初一樣的紅色海豚，經由海天通道去了人間。

最后的一幕是鯤在海灘上醒來，然后椿走向他，兩個人都光著身子，但卻沒有一點尷尬，是啊，人最初來到世界不就是赤條條的嗎。

椿在回憶當中有旁白，她開頭說，人類總是忙碌，忙著工作，不停的吃東西，買東西，卻從來不去思考我們是誰，從哪里來。

中間她說，她已經一百多歲了，她說，我們每個人都是一條魚，人的一生就從海洋的這邊橫游到另外一邊。

她說，人間好漂亮啊。

她說，我們一定會記得的，一定會想起來的。

希望椿和鯤一直在一起，幸福的在一起，這樣，湫就可以安心了。

還有很多的細節和暗示來不及一一去說了。