常用命令 遵循語法 遵循語法！！
- 系統命令
命令名稱 功能 備注 ps -ef 查看運行程序 sleep 100 & 后臺運行服務器 ps -ef grep sleep 查看后臺掛在程序 ls table pwd list，補全，pathway of work directory 用100遍以上 echo 內容打印到屏幕上 --help 長參數 某一個命令的說明書 top 查看后臺程序 - 文本及目錄命令
命令 功能 備注 ls {-a，-l，-t，-h，-r} 以各種參數顯示文件基本信息 同時多個可以一起打 如 -trh mkdir { -p} 創建目錄或者嵌套目錄 rmdir -r 刪除文件及文件夾 touch 創建一個文本
- 對 文本的編輯
| 命令 | 功能 | 備注 |
|---|---|---|
| cat | 瞄一眼 | 其實是查看全部，適用于小文件, -n 顯示行號 |
| less/more | 分屏查看 | 類似于看word 的一頁 |
| head；tail | 查看前4行 | |
| > | 重定向 | 功能感覺像把結果另存為，但是意思是清空后再輸入 |
| >> | 追加 | 就是在> 之后再加內容 |
| vi | 對文本進行編輯 | |
| i | 進入 vi 之后 進行輸入 | :wq 退出并保存 |
| | | 管道符號 | 一條指令的output 作為下一條指令的input |
-
linux 4.學習筆記 去可視化（主要是思路轉換，找優勢）
- ls company/* 可以列出
- echo 內容打印到屏幕上
- cat > error.txt 在屏幕上進行文件輸入，ctrl + C退出
-
linux 5. 文本處理
- wget 網頁上下載文件
- man wget 查看wget 的幫助手冊
- head -1 test.txt 命令，選項，參數
- wc word count
- more 查看更多，
- less -NS
- cut -f 1 test.txt 此處-f 是field=list 指域，是列的意思，取第一列，此處的邏輯就是從 test.txt 中取出第一域field=list，但并沒有改變原文件，然后在屏幕上輸出結果
grep sed awk 三者的功能都是處理文本，但側重點各不相同，其中屬awk功能最強大，但也最復雜。grep更適合單純的查找或匹配文本，sed更適合編輯匹配到的文本，awk更適合格式化文本，對文本進行較復雜格式處理。
- 文本 編輯鏈接，纖細說明了以上三駕馬車的功能，【要看三遍，如果命令有相似功能，大概知道每個命令的優勢和不足】
-
linux 5. 軟件安裝
- ls 調出的時候 出現顏色 是因為默認加載了 .bashrc, 這樣 因為在.bashrc 設置了 alias
.bashrc
The individual per-interactive-shell startup file.
這個文件主要保存個人的一些個性化設置，如命令別名、路徑等。下面是個例子： # User specific aliases and functions
PATH="/bin:/sbin:/usr/bin:/usr/sbin:/usr/local/bin:/usr/local/sbin"
LANG=zh_CN.GBK
export PATH LANG
alias rm='rm -i'
alias ls='/bin/ls -F --color=tty --show-control-chars'
例子中定義了路徑，語言，命令別名（使用rm刪除命令時總是加上-i參數需要用戶確認，使用ls命令列出文件列表時加上顏色顯示）。
每次修改.bashrc后，使用source ~/.bashrc（或者 . ~/.bashrc）就可以立刻加載修改后的設置- gzip ~/.barshrc 壓縮 # 默認壓縮之后不保存原文件
- gzip ~/.barshrc > .barshrc.gz
- gunzip ~/.barshrc 解壓縮，
- tar 需要 識別后綴名來選命令
- tar -cvf tar -xvf 打開包； tar -zcvf .tar.gz 創建包，tar -zxvf .tar.gz ; tar -jxvf .tar.bz2 創建包；tar -jxvf .tar.bz2 打開包 #vf 是每個必須的；
- wget http..... #下載軟件壓縮包，
- tar -j/z xvf filename.tar.bz2/tar.gz
- make 結束
- conda 推薦使用 ###好用；
1、configure，這一步一般用來生成 Makefile，為下一步的編譯做準備，你可以通過在 configure 后加上參數來對安裝進行控制，比如代碼:./configure –prefix=/usr 意思是將該軟件安裝在 /usr 下面，執行文件就會安裝在 /usr/bin （而不是默認的 /usr/local/bin),資源文件就會安裝在 /usr/share（而不是默認的/usr/local/share）。同時一些軟件的配置文件你可以通過指定 –sys-config= 參數進行設定。有一些軟件還可以加上 –with、–enable、–without、–disable 等等參數對編譯加以控制，你可以通過允許 ./configure –help 察看詳細的說明幫助。
2、make，這一步就是編譯，大多數的源代碼包都經過這一步進行編譯（當然有些perl或python編寫的軟件需要調用perl或python來進行編譯）。如果 在 make 過程中出現 error ，你就要記下錯誤代碼（注意不僅僅是最后一行），然后你可以向開發者提交 bugreport（一般在 INSTALL 里有提交地址），或者你的系統少了一些依賴庫等，這些需要自己仔細研究錯誤代碼。
3、make insatll，這條命令來進行安裝（當然有些軟件需要先運行 make check 或 make test 來進行一些測試），這一步一般需要你有 root 權限（因為要向系統寫入文件）。
Linux的用戶可能知道，在Linux下安裝一個應用程序時，一般先運行腳本configure，然后用make來編譯源程序，在運行make install，最后運行make clean刪除一些臨時文件。使用上述三個自動工具，就可以生成configure腳本。運行configure腳本，就可以生成Makefile文件，然后就可以運行make、make install和make clean。
- linux 7. 環境變量
- 三種方式（以調用bowtie2）為例
- 1，可以創建一個新的變量 bowtie2=/home/user/bowtie2 #等號后邊的必須為可執行，使用時候 必須用 $調出一個變量；
- 2，alias bowtie2="/home/user/bowtie2" 使用時 直接調用bowtie
- 3，添加環境變量 在定制化的.barshrc 里邊添加 一個新的export ； 路徑默認以：分開
export path="$PATH:/home/user/bowtie2/bowtie3.4.4.1/"
但上邊的操作會存在問題，因此此次添加是一次性的，如果需要永久添加的話 需要啟用 .barshrc
- cat >> /.barshrc 一行路徑
- cat .barshrc | tail 看一下最后一行 有沒有追加成功，然后source 一下 .barshrc 就會永久有效；有個缺點沒辦法 看這個的版本；
學習軟件的使用的時候 會有一個 example文件夾
- bowtie2 是用來比對的，通過--help 來看例子的說明，
比對需要參考基因組，索引 和測序序列；索引需要大小和方向的， /public/reference/index
- linux 8 腳本編程
shell 腳本變成很嚴格，注意空格 - 參數，通配符-批量處理很重要， 標準頭文件，
- for i in {}；do echo xxx{i};done
復習總結
- 賦值變量的時候 文本需要加 “” 數值不要加，
- 快速匹配 用tab ，返回行首行尾 用fn+hone/end
后期學習
- 不斷練習講課的命令內容
- 看一下命令的解釋
- md5sum？
- 如何學習軟件的用法，example
-通配符 學習 - shell 腳本編程 1-10章節； 看5遍以上；
-標準頭文件 - 遺留問題
通配符 . 的匹配功能 ，find 的功能怎么用，
這里可以加注釋 # `我`
| start | end |
|---|
