最近打算做可變剪切分析,查了做分析的軟件發現rMATS這個軟件被很多人推薦,于是打算就用它來分析吧。
本著方便易懂的原則,搜索了“rMATS安裝教程”。發現都講的不是很明白而且最新版也到了4.1.2,我還是想安裝最新版。查了很多資料,有說用conda的,也有說有docker的,我試了一圈,都沒能安裝成功。該走的彎路都走了,具體過程就不分享了,免得誤導大家,接下來我把我安裝的方法寫下來,希望能有點用。
1. 打開官網
http://rnaseq-mats.sourceforge.net/rmats4.1.2/
官網
2. 下載軟件安裝包
下載軟件安裝包
3. 上傳到服務器并解壓
上傳到服務器并解壓
解壓安裝包
4. 找到官網安裝說明
https://github.com/Xinglab/rmats-turbo
安裝說明
安裝所需要的的環境
每個人的機器環境不一樣,這個所需要的的環境需要自己配置,我就是沒有管這個環境直接解壓后安裝的,遇到error或failed再去看報錯一一解決。
5. 安裝
進入到解壓后的安裝包
進入解壓后的目錄
./build_rmats
根據報錯信息再去處理軟件安裝所需要的環境。
6. 我安裝遇到的報錯信息
我安裝遇到的報錯信息,希望對大家有所幫助。
6.1 gsl-config報錯
一看到報錯信息就頭疼,由于看過https://jingyan.baidu.com/article/63acb44a13cc7d61fdc17e6d.html里面的一些內容所以就懷疑是不是缺少包“gsl-config”,于是就到百度搜索了這個包,果然發現了解決方法。https://blog.csdn.net/subiluo/article/details/86479836
報錯
解決方法
6.2 cmake報錯
報錯
解決辦法
6.3 Cython.Build報錯
報錯
解決辦法
報錯
6.4 安裝成功
成功
7. 心得體會
仔細看報錯信息!
仔細看報錯信息!
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