融合基因
融合基因的分析也是轉錄組下游的一個分析,通常發生在染色體重排的情況下,導致距離相隔較遠的的基因結合在一起,這種組合會造成基因失調和生成“嵌合體蛋白”,從而易引發表型改變。
融合基因的分析軟件有:
參考自犇牛科技課件
常用的有STAR-Fusion,因為STAR比對輸出的bam文件可以直接用來做融合基因分析。
可變剪接(Alternative splicing, AS)
可變剪接指 不同的剪切方式使得同一個基因可以產生多個不同的成熟mRNA, 最終產生不同的蛋白質。95%的基因都存在可變剪切現象。可變剪切導致了轉錄本和蛋白質結構與功能的多態性,是一種重要的轉錄調控機制。
可變剪接的方式:
常見的有4種:
可變剪接分析的軟件有:
- rMATS(multivariate analysis of transcript splicing)
http://rnaseq-mats.sourceforge.net/rmats4.0.2/index.html - 可視化可變剪接的軟件
rmats2sashimiplot