混沌大學的創新學院的課程分為三個階段：《第二曲線》、《第一性原理》、《理念世界》，是幫助大家的認知世界的能力從一樓，帶上四樓一個過程。因此混沌大學會把人類的認知層次分為四個層次，也就四樓。
一樓是感性思維，感性思維就是人們用眼、耳、鼻、舌、身的五官來感受外在的信息、經驗，然后把它把自己所獲取的經驗看作是整個世界，然后用經驗模型解釋過去、指導未來。這也是我們祖祖輩輩經常用到的，即通過歸納法，找到一些現象世界的規律，然后推導成為自己的決策模型。
二樓是理性思維，用意識、思想或者思維對眼、耳、鼻、舌、身所獲的的外部經驗進行整頓，并提煉出相對抽象的思維模型，是事物背后的本質。混沌大學的最小單元就是思維模型，能夠分析和解釋復雜的現象世界，并且預測和指導未來。
三樓是哲科思維，它研究的不是思維的內容，而是思維的結構。整個哲科思維的結構就是第一性原理。任何一個理性的系統都成立于某個基石架設之上，所有的學科都成立于某一個原前提之上，這個學科的原前題確實給定的，并不是推導出來的。任何學科只要發現一個原前題，發現其第一性原理之后，這個學科基本就成立了。
四樓是沒有思維，是一種古老的東方智慧，覺性智慧，它不研究思維內容，也不看思維結構，沒有思維。
大學之道，在明明德，在親民，在止于至善。在明明德就是點亮人們內心本來就有的明德點亮，把認知世界的思維方式打開，然后在把人們帶回現實世界，開啟更美好的未來。
