參考文章：
轉載請注明：陳熹 chenx6542@foxmail.com （簡書號：半為花間酒）
前置知識
corrplot(corr,
method = c("circle", "square", "ellipse", "number", "shade", "color", "pie"),
type = c("full", "lower", "upper"), add = FALSE,
col = NULL, bg = "white", title = "", is.corr = TRUE,
diag = TRUE, outline = FALSE, mar = c(0,0,0,0),
addgrid.col = NULL, addCoef.col = NULL, addCoefasPercent = FALSE,
order = c("original", "AOE", "FPC", "hclust", "alphabet"),
hclust.method = c("complete", "ward", "single", "average",
"mcquitty", "median", "centroid"),
addrect = NULL, rect.col = "black", rect.lwd = 2,
tl.pos = NULL, tl.cex = 1,
tl.col = "red", tl.offset = 0.4, tl.srt = 90,
cl.pos = NULL, cl.lim = NULL,
cl.length = NULL, cl.cex = 0.8, cl.ratio = 0.15,
cl.align.text = "c",cl.offset = 0.5,
addshade = c("negative", "positive", "all"),
shade.lwd = 1, shade.col = "white",
p.mat = NULL, sig.level = 0.05,
insig = c("pch","p-value","blank", "n"),
pch = 4, pch.col = "black", pch.cex = 3,
plotCI = c("n","square", "circle", "rect"),
lowCI.mat = NULL, uppCI.mat = NULL, ...)
-
corr：需要可視化的相關系數矩陣 -
method：指定可視化的方法，可以是圓形、方形、橢圓形、數值、陰影、顏色或餅圖形 -
type：指定展示的方式，可以是完全的、下三角或上三角 -
col：指定圖形展示的顏色，默認以均勻的顏色展示 -
bg：指定圖的背景色 -
title：為圖形添加標題 -
is.corr：是否為相關系數繪圖，默認為TRUE，同樣也可以實現非相關系數的可視化，只需使該參數設為FALSE即可 -
diag：是否展示對角線上的結果，默認為TRUE -
outline：是否繪制圓形、方形或橢圓形的輪廓，默認為FALSE -
mar：具體設置圖形的四邊間距 -
addgrid.col：當選擇的方法為顏色或陰影時，默認的網格線顏色為白色，否則為灰色 -
addCoef.col：為相關系數添加顏色，默認不添加相關系數，只有方法為number時，該參數才起作用 -
addCoefasPercent：為節省繪圖空間，是否將相關系數轉換為百分比格式，默認為FALSE -
order：指定相關系數排序的方法，可以是原始順序(original)、特征向量角序(AOE)、第一主成分順序(FPC)、層次聚類順序(hclust)和字母順序，一般”AOE”排序結果都比”FPC”要好 -
hclust.method：當order為hclust時，該參數可以是層次聚類中ward法、最大距離法等 -
addrect：當order為hclust時，可以為添加相關系數圖添加矩形框，默認不添加框，如果想添加框時，只需為該參數指定一個整數即可 -
rect.col：指定矩形框的顏色 -
rect.lwd：指定矩形框的線寬 -
tl.pos：指定文本標簽(變量名稱)的位置，當type=full時，默認標簽位置在左邊和頂部(lt)，當type=lower時，默認標簽在左邊和對角線(ld)，當type=upper時，默認標簽在頂部和對角線，d表示對角線，n表示不添加文本標簽 -
tl.cex：指定文本標簽的大小 -
tl.col：指定文本標簽的顏色 -
cl.pos：圖例（顏色）位置，當type=upper或full時，圖例在右表(r)，當type=lower時，圖例在底部，不需要圖例時，只需指定該參數為n -
addshade：只有當method=shade時，該參數才有用，參數值可以是negtive/positive和all，分表表示對負相關系數、正相關系數和所有相關系數添加陰影。注意：正相關系數的陰影是45度，負相關系數的陰影是135度 -
shade.lwd：指定陰影的線寬 -
shade.col：指定陰影線的顏色
實踐畫圖
library(corrplot)
?corrplot
# dat是個人數據
M <- round(cor(t(dat)),4)
# 原生配色
col2 <- colorRampPalette(c("#67001F", "#B2182B", "#D6604D", "#F4A582",
"#FDDBC7", "#FFFFFF", "#D1E5F0", "#92C5DE",
"#4393C3", "#2166AC", "#053061"))
corrplot(M,
tl.col = 'black',
tl.pos = "ld",
tl.cex = 1.1,
cl.pos = "b",
method = "circle",
order = 'AOE',
col = rev(col2(200)),
mar = c(0,0,0,0),
type = "lower",
diag = FALSE,
addCoef.col = "grey20",
p.mat = cor.mtest(t(M), conf.level = 0.95)$p
);
總結：
corrplot包是基于原生繪圖函數，畫布設置太麻煩了，加上我對par函數一向不熟悉，感覺操作很累。也不能用ggsave保存，總之出圖效果可以但體驗很差，下次試試ggcorrplot包
