R語言基礎-文檔檢索與環境配置-2019-06-29

R幫助函數

`help.start()` ,打開幫助文檔首頁

`help.search("foo")`或`??foo,`以foo為關鍵詞搜索本地幫助文檔,`?Startup`查看與R有關的啟動文件信息;

`example("foo")` ,函數foo的使用示例(引號可以省略)

`RSiteSearch("foo")`,以 foo 為關鍵詞,查詢整個 http://search.r-project.org 網站的包,例如`RSiteSearch("{Bayesian regression}")`

`apropos("foo",mode="function")`, 列出名稱中含有 foo 的所有可用函數

`data()`,列出當前已加載包中所含的所有可用示例數據集

`vignette()` ,列出當前已安裝包中所有可用的 vignette 文檔

`vignette("foo")`,為主題 foo 顯示指定的 vignette 文檔

`demo()`,演示某些R案例

`browseVignettes()`,查看當前系統里的Vignettes

注:在搜索幫助文檔的過程中,可能會遇到R軟件無法給出任何搜索項的相關信息的情況,如下所示:



help(adf.test)

## No documentation for 'adf.test' in specified packages and libraries:

## you could try '??adf.test'

若你確定該函數安裝在計算機中,則導致這樣情況的原因可能是由于包含該函數的R包未載入,你不清楚哪個R包中包含這個函數。要解決這樣的問題,需要在所有已安裝的R包中搜索該函數。使用錯誤消息中提示的方法來進行搜索(即用help.search命令),例如:

help.search("adf.test")

## starting httpd help server ...

##  done

vignette()

有些軟件包中也會包含vignette,這是一些附加的文檔,例如簡介、教程或者開發文檔等。這些vignette都會在安裝軟件包時,作為軟件包的一部分安裝到計算機中。vignette顯示在軟件包的幫助頁面底部。可以通過vignette命令查看計算機中包含的所有軟件包的附加文檔列表,也可以通過在vignette命令中指定某一軟件包的名稱,查看特定軟件包所附帶的vignette?,如下所示:

vignette(package="ggplot2")

每個vignette都對應一特定的名稱,因此可以通過以下命令進行查看:vignette(“vignettename”) 。

某看某個函數的文檔

用法:help(函數名)或?函數名

help(mean)

或者使用args函數快速獲取函數的參數。例如,args(functionname)

或者用example函數查看函數的使用示例。例如example(functionname)

查看某個包的文檔

用法:help(package=“包的名稱”)

需要與這區別的是,查看一個函數的幫助命令是help(函數名),如果要查看一個包的幫助,操作與函數有所不同,需要加上package=,如下所示:

help(mean) # 查看函數mean的幫助文檔

help(package="ggplot2") # 查看包ggplot2的幫助文檔

網絡資源

Rseek.org

http://rseek.org

Q&A網站

http://stackoverflow.com

針對編程有關問題的Q&A網站,例如數據結構、代碼以及圖表繪制等。

有關統計的的Q&A網站

http://stats.stackexchange.com

R官網

http://cran.r-project.org/web/views

網站中的任務視圖,尋找并閱讀與你研究相關的內容,其中能找到鏈接和相關軟件包的簡介。

關鍵詞檢索軟件包

通過關鍵字檢索合適的軟件包

http://crantastic.org

sos

提供查詢R包的其他方式:

http://cran.r-project.org/web/packages/sos/vignettes/sos.pdf

環境配置

歷史命令保留

默認情況下,R會將一次對話中所有的命令都記錄下來,方便隨時重用,如果要將歷史記錄保存下來,可以使用savehistory()這個函數。默認情況下,R會當歷史記錄保存在當前工作目錄下一個名為.Rhistory的文件中。

如果要將歷史記錄保存在其他文件,可以使用file參數,即savehistory(file="TestHistory"),擴展名對此文件并無影響。

如果要再次載入這個歷史記錄,使用可以loadhistory()命令,即loadhistory("TestHistory")

查看R當前的版本

使用R.version()命令可以返回當前運行R的版本信息,包括運行平臺本身的信息,比較豐富,如下所示:

R.Version()

$platform

[1] "x86_64-w64-mingw32"

$arch

[1] "x86_64"

$os

[1] "mingw32"

$system

[1] "x86_64, mingw32"

$status

[1] ""

$major

[1] "3"

$minor

[1] "5.2"

$year

[1] "2018"

$month

[1] "12"

$day

[1] "20"


[1] "75870"

$language

[1] "R"

$version.string

[1] "R version 3.5.2 (2018-12-20)"

$nickname

[1] "Eggshell Igloo"

如果只是想知道R的版本號,則用`getRversion()`函數,如下所示:


getRversion()

[1] ‘3.5.2’

設置R語言默認CRAN鏡像

R使用的CRAN鏡像信息保存在一個.RProfile為擴展名的文件中,這個文件位于用戶的home文件夾或R的啟動目錄中,如果要想更改CRAN鏡像就需要修改這個文件。

查看R語言可選的鏡像要用到chooseCRANmirror()命名,如下所示:

chooseCRANmirror()

Secure CRAN mirrors 

 1: 0-Cloud [https]                      2: Algeria [https]                   

 3: Australia (Canberra) [https]         4: Australia (Melbourne 1) [https]   

 5: Australia (Melbourne 2) [https]      6: Australia (Perth) [https]         

 7: Austria [https]                      8: Belgium (Ghent) [https]           

 9: Brazil (PR) [https]                 10: Brazil (RJ) [https]      


Selection:

選擇19(上海的鏡像)。

輸入`options("repos")[[1]][1]`就可以查看選擇后的鏡像,如下所示:


options("repos")[[1]][1]

                                CRAN 

"https://mirrors.tongji.edu.cn/CRAN"

將上面的鏡像添加到.RProfile文件中即可 ,如下所示:

options(repos="https://mirrors.tongji.edu.cn/CRAN")

R代碼的運行source()

運行R代碼的方式有以下幾種:

第一,若要在控制臺上執行編輯器中的某一行代碼,點擊想要運行的那行代碼,在RStudio中,按下Ctrl+Enter或按Run即可。

第二,若要運行編輯窗口中的所有代碼,那么就需要點擊源代碼編輯器中的任何位置,按下Ctrl+Shift+Enter即可,或者是按Source按鈕。或者是在控制臺中直接輸入source("R代碼的路徑+R代碼文件")即可,例如在D盤下保存了一個R代碼文件test.r,那么就需要輸入source("D:/test.r"),按回車。

需要注意的是:Rstudio的編輯窗口中有一個Source on Save復選框,這個是表示自動保存,最好選上。

Worksapce

在一次R任務中,會導入數據,會創建變量,這些所有的內容稱為Worksapce,它具體指的是,在所有會話中創建的變量,函數,載入的包。如果要查看當前Worksapce中創建的哪些變量,可以使用ls()命令。

保存Workspace命令save.image()

如果想要保存整個Worksapce,要用到save.image()命令,如下所示:

setwd("D:/")

test1 <- c(1:4)

test2 <- rep(1:3, 4)

save.image(file="test.Rdata")

現在就在D盤下保存了一個名為test.Rdata的文件,現在關閉Rstudio。去D盤下,再打開test文件,發現原來的變量test1test2都還在,跟原來的一樣。

Rda文件

Rda的全稱是rdata,保存的是變量名與相應的多個變量,看以下代碼:

setwd("D:/")

x <- c(1,2,3)

y <- c(4,5,6)

save(x,file="x.rda")

現在就在D盤保存了一個x.rda文件。當要載入這個文件時,要使用load()命令,如下所示:

rm(list=ls())

load("D:/x.rda")

x

save()與save.image()函數使用

在R中如果要保存某個變量或工作環境需要用到save()save.iamge()命令,它們的用法如下所示:

Usage

save(..., list = character(),

     file = stop("'file' must be specified"),

     ascii = FALSE, version = NULL, envir = parent.frame(),

     compress = isTRUE(!ascii), compression_level,

     eval.promises = TRUE, precheck = TRUE)

save.image(file = ".RData", version = NULL, ascii = FALSE,

           compress = !ascii, safe = TRUE)

其中參數含義如下所示:

  • list:一個包含要保存的對象名稱的字符向量。
  • file:連接或保存數據的文件的名稱。必須是保存的文件名。
  • ascii: ASCII碼,默認FALSE。
  • envir: 尋找要保存的對象的環境。
  • compress:邏輯或字符串指定是否保存到指定文件是使用壓縮。TRUE對應于gzip壓縮,而字符串“gzip”、“bzip2”或“xz”指定壓縮的類型。當文件是連接和工作空間格式版本時忽略。
  • save.image()只是“保存我當前工作空間”的捷徑。

save()save.image()函數的簡單區別就在前者只保存一個變量(也可以保存多個),而后者可以一次保存所有的變量。

參考資料

  1. R語言-默認鏡像設置
  2. R語言輕松入門與提高 [法]Andrie de Vries ,[比利時]Joris Mey
  3. R語言_save()函數用法
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