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可視化是數據分析中非常重要的一個環節，對于NGS分析數據的可視化，最常用的就是各種基因組瀏覽器了，既有UCSC, GBrowse等基于web的基因組瀏覽器，也有igvtools等本地化的圖形界面軟件。對于Hi-C數據，在前面的文章中也介紹過基于web的WashU Epigenome Browser基因組瀏覽器和本地化的juicebox軟件。
熟練掌握其中一個軟件的用法就可以滿足大部分的需求了，但是作為一個生信分析的極客，總感覺還是需要一款命令行工具來提高效率。python和R都擁有非常強大的可視化能力，今天介紹一款基于python語言的軟件pyGenomeTracks, 一款原汁原味的命令行工具，擁有和基因組瀏覽器相同的展現形式，網址如下
https://github.com/deeptools/pyGenomeTracks
該軟件支持可視化以下幾種信息
bigwig
bed
bedgraph
links
-
Hi-C matrices
采用該軟件可視化的效果圖如下
和基因組瀏覽器一樣的展現形式，每一層為一個track。該軟件采用配置文件的形式來配置需要展示的文件信息，每個需要展示的文件和對應的參數都寫在一個標簽下，具體寫法如下
1. bigwig
2. bedgraph
3. hic
除此之后，還有x-axis和spacer等標簽，分別對應x軸和兩個tracks之間的空格區域。下方如下
[spacer]
[x-axis]
where = top編輯好配置文件之后，就可以運行了，用法如下
pyGenomeTracks \
--tracks tracks.ini \
--region chr2:10,000,000-11,000,000 \
--outFileName output.pdftracks參數指定配置文件的名稱，region參數指定需要可視化的基因組區域，outFileName參數指定輸出文件的名稱。為了達到美觀的效果，有許多的參數需要調整，更多細節請參考官方文檔和示例。
一個hi-c數據可視化的效果圖如下
通過該軟件，可以高效的展示hi-c數據。
·end·
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