一般情況下每個虛擬主機就是一個網站，網站一般通過域名來進行訪問。
LNMP1.3的網站添加過程和LNMP1.1的基本類似，但是增加了FTP和數據庫的創建。LNMP1.3的防跨目錄也是由原來在php.ini中設置移至網站根目錄下的.user.ini進行控制。
LNMP 1.1及之前的版本采用/root/vhost.sh 進行添加虛擬主機。
LNMP 1.2開始使用lnmp命令進行管理。
虛擬主機管理基本命令介紹：lnmp vhost {add|list|del}
添加網站(虛擬主機)
如果輸入有錯誤需要刪除時，可以按住Ctrl再按Backspace鍵進行刪除。
執行：lnmp vhost add出現如下界面：
這里要輸入要添加網站的域名，我們已添加www.vpser.net域名為例，如上圖提示后輸入域名 www.vpser.net 回車后提示
這里詢問是否添加更多域名，輸入 y 回車后添加，如不添加輸入 n 會有如下提示：
如果需要添加更多域名或加上 vpser.net ，輸入后回車確認。
注：帶www和不帶www的是不同的域名，如需帶www和不帶的www的域名都訪問同一個網站需要同時都綁定
下面需要設置網站的目錄，網站目錄不存在的話會創建目錄。也可以輸入已經存在的目錄或要設置的目錄（注意如要輸入必須是全路徑即以/開頭的完整路徑）。不輸入直接回車的話，采用默認目錄：/home/wwwroot/域名
偽靜態可以使URL更加簡潔也利于SEO，如程序支持并且需要設置偽靜態的話，如啟用輸入 y ，不啟用輸入 n 回車。
默認已經有了discuz、discuzx、discuzx2(Discuz X二級目錄)、wordpress、wp2(WordPress二級目錄)、typecho、typecho2(Typecho二級目錄)、sablog、emlog、dabr、phpwind、、dedecms、drupal、ecshop、shopex等常用的Nginx偽靜態配置文件，可以直接輸入名稱進行使用，如果是二級目錄則需要對應配置文件里的二級目錄的名稱。
這一步是設置日志，如啟用日志輸入 y ，不啟用輸入 n 回車。
再輸入要設置的日志的名稱，默認目錄為：/home/wwwlogs/ 默認文件名為：域名.log 回車確認后，會詢問是否添加數據庫和數據庫用戶。
如果需要啟用輸入 y ，不啟用輸入 n 回車。
需要驗證MySQL的root密碼
提示Enter database name: 后輸入要創建的數據庫名稱，要創建的數據庫用戶名會和數據庫同名，回車確認。
提示Please enter password for mysql user 數據庫名: 后輸入要設置的密碼，回車確認。
如果安裝了FTP服務器會詢問是否添加FTP賬號
如果需要添加輸入 y ，不添加輸入 n 回車。
提示Enter ftp account name: 后輸入要創建的FTP賬號名稱，回車確認。
提示Enter password for ftp account FTP賬號: 后輸入要設置的密碼，回車確認。
提示 Press any key to start create virtul host... 后，回車確認便會開始創建虛擬主機。
添加成功會提示添加的域名、目錄、偽靜態、日志、數據庫、FTP等相關信息，如下圖：
偽靜態管理
LNMPA或LAMP可以直接使用網站根目錄下放.htaccess 來設置偽靜態規則(具體規則可以去程序官網網站找google百度)，但是在LNMP下，需要使用Nginx偽靜態規則。
偽靜態可以隨時添加或刪除，如果添加完虛擬主機后忘記或沒有添加偽靜態，可以通過修改配置文件來添加偽靜態。
虛擬主機配置文件在：/usr/local/nginx/conf/vhost/域名.conf
偽靜態規則文件需要放在/usr/local/nginx/conf/ 下面。
編輯虛擬主機配置文件，可以使用vim。
前面我們添加的虛擬主機，打開后前半部分配置會顯示如下：
在root /home/wwwroot/www.vpser.net;這一行下面添加：
include wordpress.conf;
上面的wordpress.conf為偽靜態文件，如需要其他偽靜態文件自己創建個并上傳到/usr/local/nginx/conf/ 下面并include 偽靜態.conf; 加完保存，執行：/etc/init.d/nginx restart重啟生效，如果報錯可能是添加有誤或偽靜態規則有誤。
上傳網站程序
如果已經安裝FTP服務器可以直接使用ftp客戶端通過你的FTP信息登錄后上傳網站或SFTP等軟件上傳網站，設置好相關權限開始安裝即可。
上傳網站后建議執行：chown www:www -R /path/to/dir 對網站目錄進行權限設置，/path/to/dir替換為你網站目錄。
為了安全可以將一些不需要PHP運行的上傳文件之類的目錄去掉執行權限，參考：http://www.vpser.net/security/lnmp-remove-nginx-php-execute.html
列出網站(虛擬主機)
執行：lnmp vhost list
刪除網站(虛擬主機)
執行：lnmp vhost del
刪除網站會先列出當前已有虛擬主機，按提示輸入要刪除的虛擬主機域名 回車確認。
這里只是刪除虛擬主機配置文件，網站文件并不會刪除需要自己刪除。
LNMP 1.3下需要執行：chattr -i /網站目錄/.user.ini 后才能刪除網站目錄。
當執行chown或chmod對網站目錄屬主屬組或權限進行操作時可能會提示
chown: changing ownership of `/home/wwwroot/default/.user.ini': Operation not permitted
不需要理會，如果有強迫癥可以參考前面先進行chattr -i的操作。
默認網站(虛擬主機)
LNMP默認網站配置文件：/usr/local/nginx/conf/nginx.conf
LNMPA默認網站配置文件：/usr/local/nginx/conf/nginx.conf 和 /usr/local/apache/conf/extra/httpd-vhosts.conf
LAMP默認網站配置文件：/usr/local/apache/conf/extra/httpd-vhosts.conf
其他事項
LNMP 1.1及之前的版本使用php.ini里面，open_basedir設置
LNMP 1.2及更高版本防跨目錄功能使用.user.ini，該文件在網站根目錄下，可以修改open_basedir的值來設置限制目錄的訪問。
.user.ini文件無法直接修改，可以使用winscp文件管理、vim編輯器或nano編輯器進行修改。
如要修或刪除需要先執行：chattr -i /網站目錄/.user.ini
刪除的話rm -f /網站目錄/.user.ini 就可以。
修改完成后再執行：chattr +i /網站目錄/.user.ini
.user.ini不需要重啟一般5分鐘左右生效，也可以重啟一下php-fpm立即生效。
如果要更改網站目錄必須要按上述方法修改防跨目錄的設置，否則肯定報錯！！
LNMP 1.4上如果不想用防跨目錄還需要將 /usr/local/nginx/conf/fastcgi.conf 里面的fastcgi_param PHP_ADMIN_VALUE "open_basedir=$document_root/:/tmp/:/proc/"; 刪除，需要重啟nginx。
LNMP 1.4上也可以直接使用lnmp1.4/tools/ 目錄下的 ./remove_open_basedir_restriction.sh 進行移除。
LNMPA或LAMP 1.2上的防跨目錄的設置使用的對應apache虛擬主機配置文件里的php_admin_value open_basedir參數進行設置。如果不需要設置可以在前面加 # 進行注釋，或自行修改目錄的限制。
重啟apache生效。
pathinfo設置
LNMP上各個版本pathinfo各個版本的設置基本一樣：
lnmp v1.1上，修改對應虛擬主機的配置文件
去掉#include pathinfo.conf前面的#，把try_files $uri =404; 前面加上# 注釋掉。
1.2,1.3上，修改對應虛擬主機的配置文件
將include enable-php.conf;替換為include enable-php-pathinfo.conf;
修改pathinfo需要重啟nginx生效。
數據庫管理
1.3以上版本，可以在添加虛擬主機時選擇創建數據庫，也可以單獨使用 lnmp database add 按提示添加數據庫，添加的用戶名和數據庫名是同名的。
添加數據庫命令：lnmp database add
編輯數據庫用戶密碼命令：lnmp database edit
刪除數據庫命令：lnmp database del
列出所有數據庫命令：lnmp database list
