文章
標題：A human gut bacterial genome and culture collection for improved metagenomic analyses
譯題：人腸道菌基因組和資源庫改善宏基因組分析
期刊：NBT
時間：2019
單位：wellcome桑格研究所
摘要
了解腸道微生物組功能需要培養的細菌進行實驗驗證和參考細菌基因組序列來解釋宏基因組數據集并指導功能分析。我們展示了人類胃腸道細菌培養物保藏中心 (HBC)，這是一套全面的 737 個全基因組測序細菌分離物，代表人類胃腸道微生物群中發現的 31 個科的 273 個物種（105 個新物種）。 HBC 將源自人類胃腸道微生物群的細菌基因組數量增加了 37%。由此產生的全球人類胃腸道細菌基因組收集 (HGG) 在 13,490 個鳥槍測序的宏基因組樣本中按豐度對 83% 的屬進行了分類，與人類微生物組計劃 (HMP) 基因組收集相比，分類學分類提高了 61%，并實現了亞種級分類幾乎 50% 的序列。胃腸道細菌參考序列資源的改進避免了對宏基因組從頭組裝的依賴，并能夠對人類胃腸道微生物群進行準確且具有成本效益的鳥槍法宏基因組分析。
