電影主題：愛，跨越空間和時間的救贖之愛。
電影的key：充滿愛、保護、羈絆的結繩貫穿始終。
結繩的魔力是通過奶奶說出來：“結，連接繩線的是結，連接人與人是結，時間的流動也是結，全都是神的力量，我們的結繩也是神的作品，正是時間流動的體現，聚在一起，成型、扭曲、纏繞、有時又還原、斷裂、再次連接、這就是結，這就是時間?！?/p>

宮水神社的女主三葉死亡前有一段時間經常和三年后的男主瀧交換靈魂，據說作為宮水神社的繼承人，睡覺后會發生和別人交換靈魂的情況。但每次交換靈魂所干事情，本體恢復后時常不記得。

經歷了多次的靈魂交換后，男女雙方對對方都有了感覺，只是對方還不清楚這種感覺。

就這樣過了一段時間，瀧的靈魂進入三年前的三葉體內，使用三葉的身體，和妹妹、奶奶一起來到了隱世 ——“那個世界”，奶奶說：要回到這個世界，必須用你最重要的東西交換，那就是口嚼酒?？诮谰评锛拇嬷~的半身。

而三葉卻陰差陽錯地促成了瀧和奧寺學姐的約會，但因為瀧已心有所屬，約會途中時常漫不經心，學姐知道他已經有了喜歡的人了。此時，三葉對著鏡子不自覺地落下了眼淚。

三葉為了確認自己的感覺，獨自一人去了東京。車站上，三葉遇到了瀧，此時的瀧還不認識三葉，離別時，瀧問了三葉的名字，而三葉則將靈魂信物結繩交給了瀧。這個結繩成了三葉和瀧之間的羈絆。

失戀的三葉回到家后，請求奶奶把自己的頭發剪掉，和兩位好友一起參加祭典，散步途中，三葉親眼見到彗星分裂，之后，分裂的彗星碎片落到三葉所在的城鎮發生大爆炸，整個城鎮一瞬間被毀滅，鎮上的500多戶全部遇難，包括三葉。

那次事件之后，瀧再也沒有和三葉發生靈魂交換，瀧根據記憶、材料畫出了當時在三葉身上經歷的地點，并和兩位好友踏上了尋找三葉的道路。一無所獲的尋找之后，在一家拉面店找到了線索，瀧所找的糸守鎮就是三年前發生彗星爆炸被毀滅的城鎮。

瀧來到了三葉所在的城鎮，發現這個地方已經被彗星所毀滅，這時瀧手機上有關三葉的數據全部消失了，瀧他們回資料所查找資料時，在遇難者名單上看到了宮水三葉。

學姐聊到瀧手上的繩結，瀧說：“繩就是時間流動的體現，扭曲、纏繞、還原、連接，這就是時間”。他由此想到，如果去“那個世界”，可能會再一次與三葉相遇。

“聚在一起、成型、扭曲、纏繞、有時又還原、再次連接，這就是結，這就是時間”。瀧來到了隱世，喝下了當初他供奉給神的口嚼酒，神的力量將瀧和三葉的半身聯系在一起，瀧由此了解了三葉的過去，知道了三葉曾經到過東京和他見過面。

瀧想要拯救三葉的強烈意志以及繩結的力量，讓瀧和三葉的靈魂再一次發生了交換。時間回到了三年前彗星降落前的那天清晨，瀧（使用三葉的身體）很慶幸回來了，他決定拯救這個城鎮。拯救計劃：勅使負責炸彈電力系統，瀧負責說服三葉的鎮長父親做好避難工作，早耶香負責播放避難通知。

瀧沒有說服三葉的父親，他覺得如果是三葉可能有辦法?；貋淼耐局袨{想到如果這時候去隱世可能會見到三葉，就獨自騎著腳踏車前往。而在隱世醒來的三葉，走到邊界發現自己的城鎮已經被毀滅，意識到自己可能也已經死了。

瀧去隱世的途中想起了當初三葉來東京找他的場景。到了隱世，神的力量，結繩的力量，兩人的強烈意志，讓時間發生了錯亂，他們在隱世意識到對方的存在，聽到了對方的聲音，黃昏時刻，時間徹底錯亂，兩人終于見面了。

此時，他們的靈魂返回到各自的身體。瀧把結繩交還給三葉，告訴她要拯救這個城鎮。黃昏時刻結束，瀧與三葉的見面時間結束，瀧也漸漸忘記了三葉的名字。另一方面，結的力量成了三葉前進的動力，三葉最終說服了他的父親，以避難演戲的名義讓城鎮的500多戶全部撤離了遇難地點，沒有任何人傷亡，包括三葉。

歷史被改寫了。

那之后過了5年，這時的瀧即將踏進職場，雖然面試暫時不盡如人意。這5年間，瀧一直很在意糸守的彗星事件，雖然他也不知道為什么自己那么在意這個事。他覺得，這5年間，自己好像一直在尋找著什么，尋找著誰。

橋上，兩人無意識地擦肩而過。

列車的一次偶然擦肩，讓他們發現了彼此。兩人都在下一站下車，拼命往回走。這一次，他們見面了。瀧的轉身終于彌補了秒速五厘米的遺憾。

繩結的力量讓他們找到了對方，并緊緊聯系在一起。