在第116、117章羅輯和大史的對話中，推導出了全書最核心的黑暗森林理論。過程很精彩，但細想是有問題的。
黑暗森林是在四個前提下逐步推導出來的:兩個公理和兩個概念（猜疑鏈和技術爆炸），得出了“暴露的文明就開槍消滅之”的結論。如果黑暗森林理論是對的，那就是說四個前提必須對，而且推理過程合情合理。對于兩個公理，無從辯駁，另外兩個前提我認為是有問題的。
先說第一個猜疑鏈。它說的是兩個文明之間的相互不信任，善意惡意無從知曉，對方會采取什么行動不明。而且不同文明之間存在著巨大的生物學差異和文化差異，加上遙遠的距離，導致交流障礙重重且風險極高，更讓這種不信任堅不可摧。看似無懈可擊，實則不然。我們拿一個銀河系級高等文明舉例，其技術達到視銀河系為銀河村的水平。在它的擴張過程中，會去探索和開發其他星球，那些被探索的星球對于這個文明來說就像點亮的燈塔，變成了黑暗森林里明亮的區域，明亮區域越來越大黑暗區域則越來越小。假如擴張時發現其他文明，比如說在太陽系發現了地球文明，他們完全可以根據太陽系里的情況大致了解地球文明的水平，從而進入地球探索，這就沖破了因距離限制而導致的不了解，切斷了長長的猜疑鏈條。
再說第二點，技術爆炸。它說的是一個較稚嫩的文明可以通過技術爆炸式發展，短時間超越較成熟文明，從而對成熟文明的生存構成實力上的威脅。而且若是兩文明交流，會觸發這種爆炸式發展。因此，直接毀滅是唯一的選擇。這個推論的問題更明顯，原因有二: 第一，毀滅被你發現的較稚嫩文明是無利的，若是像歌者文明那樣發射二向箔，讓空間無止境二維化是損人損己的行為；第二，毀滅并非唯一選擇，書中三體向地球發射智子實行技術封鎖，人類沒有可以通過技術爆炸超越三體的可能，也就是說技術爆炸是可以被扼殺的。
最后是論證存在問題。結論“暴露就開槍消滅之”蘊含了一個隱藏的前提，那就是“開槍了就一定能消滅掉”，因為不消滅掉就暴露了自己的存在，無論是強暴露還是弱暴露，總歸是暴露了。矛和盾向來共存，如果消滅的對象是一個比自己高許多的文明，且有防御系統，那不等于自取滅亡。
基于這三點，我認為黑暗森林理論是不成立的。
