建安五年，劉備、關羽、張飛終于在萬般劫難之后，在古城重聚。劉備在眾人的擁護下，開始向著荊州進發。同年八月，曹操率軍北上，與袁紹官渡相持。十月，曹操燒去袁紹烏巢糧倉，歷史上著名的「官渡之戰」，以袁紹敗北，曹操大勝而告終。然而曹操的野心并不只有北方的半邊天下，得天時地利的霸主，已對荊州展開了新一輪的攻勢。
劉備軍順利抵達荊州投靠劉表，此時正逢荊州爆發內亂，對話劉表之后答應幫忙清剿亂黨，同時劉景升贈與我軍新野屬地(終于有了自己的第一座城池)。離開大殿即遇見徐庶，帶劉備來到武將編成所前。一番對話后其讓劉備軍在荊州以西的新野城內尋找一物「方玉配飾」，隨即前往。
此任務是開啟軍師天賦系統的必要條件。此外荊州城的裝備也可以進行一輪更新。
重要提示：若之前擊敗了下邳城的呂布，呂布下野。本章節開始大地圖出入城池或野外戰斗后有幾率出現襲擊劉備軍，將其擊敗是呂布的仲間條件之一。第三章開始在野武將出現的頻率也將大幅提升。
出荊州城，向城西方向前進，看到新野城。進城與百姓對話，在城內的菜地里尋得徐庶所要的「方玉配飾」。編成所左側的木屋前遇見旅人，提問(任命軍師后，軍師離隊有何狀況)，正確回答「選項二」后獲得「初魂石x3」。城內左下角房屋前有一賢士，對話后知曉是從徐州跟隨劉備來到荊州的孫乾，日后劉備有令，孫乾必當分憂。回到荊州城，將「方玉配飾」交給徐庶，徐庶言在編所內可更換將領，可設置軍師。對話結束后，徐庶加入隊伍，進入編所，游戲軍師系統正式開啟。
在編所內可以調派參戰的武將，并且任何武將都可以設置為軍師，按照當前獲得的軍師天賦可以點亮天賦，初始上限為3個，可點亮上限隨劇情增加。軍師設置完成后按Shift鍵劉備軍的行軍速度提升200%，當然在房屋內和特殊地形下是不可以加速行軍的。此外，訓練所內開啟了木樁系統。木樁有五個階段，可根據隊伍實力選擇合適階段花費一定銀兩進行挑戰，測試隊伍的傷害。每一階段木樁需要在規定回合內全部擊斷，可根據木樁階段不同獲得相應的天賦獎勵(「后位」、「其位」、「中位」、「次位」、「首位」)，木樁并不會攻擊，但每回合會刷新若干減傷BUFF。若超出回合則失敗。需注意，一、二階段木樁第六章開始就會永久下架，請及時挑戰。
離開荊州城前去剿匪。探索地圖，在荊州城東、東南、正南方向的區域內分別有三個村落，其中兩個村落被亂黨占領，分別將他們擊破。
村一，荊州城東側村落，與劉真對話得知他已將亂黨除滅，隨后向你索要10個初心丹，給與后離去。村內有一旅人，與之對話，提問(護行煙和隱護計有何不同)，正確答案「選項一」后獲得「真魂石x1」。
出村向荊州城東南方向行軍，來到第二個村落，擊敗亂黨后進入右上角房屋中與店家對話，出價2000兩，店家出售物品，獲得「魚鱗軍印」，同時習得魚鱗陣法。
出村向荊州城正南方向行軍，看到第三個村落，擊敗亂黨后進村。在道具店右側房屋內交于工匠一顆真魂石，可隨機打造一枚玉石，并獲得造詣「玉石之力」。與村內一村民對話后向你索要用于住宿的恢復品，此時你的道具欄自動打開，如果有「行軍帳」的話可以選擇給她，然后你會獲得些金幣，當然也可以不給，不影響任何游戲流程。以后類似此NPC還會有，只是索要的物品和獲得的物品不同。
剿滅所有亂黨后，回荊州大殿向劉表復命，之后返回新野。新野城中與伊籍對話得知曹操派呂氏兄弟來犯荊州。伊籍出謀在博望坡依靠地利抵抗呂氏兄弟。此時再與城內的孫乾對話會加入隊伍，并獲得軍師天賦「輔佐」。離開新野城向西南方行軍，進入博望坡。抵達山坡后看見呂曠、呂翔兄弟帶兵前來，與之對話后觸發戰斗。
順利擊敗呂曠二人后回到新野城。在大殿前遇蔡瑁，欲邀請劉備軍前往江陵操練水軍(出現選項)，「一同前往」或「再做打算」，出新野城后一直往東面行軍，穿過荊州城東側的村落后，再往南行便可抵達江陵城。
若是選擇「一同前往」，則比較簡單，可與蔡瑁一起可以進入城內，與蔡中蔡和等4名武將切磋獲勝即可。進入城內后可先與西邊城墻外屋內的令尊對話，獲得物品「文人草書」。之后的劇情可以獲得造詣「文人之書」和天賦「策池」。如果選擇「再做打算」，則難度相對提升。江陵城無法進入，只得在城門外開啟戰斗，敵軍變為5人，增加了一名青州兵，黃祖會先手布置沖方陣，且每回合會受到水計策的百分比傷害，恢復壓力很大，但戰斗勝利后會在江陵城外發現通往曹營的渡船，并獲得造詣「水都之邀」以及軍師天賦「水戰」。
江陵一戰劉備軍識破蔡瑁的用意后，收兵返回新野。此時伊籍已在城內等候，并帶來了徐庶母親的家書。其母被曹操奸計轉至許昌囚禁，將欲加害，今手書來喚，元直只得無奈離去。臨行前向劉備軍推薦一人，此人住在荊州城二十里外的隆中，可在水鏡先生處打探其行蹤。囑咐完畢后，徐庶離開玩家隊伍，投奔曹操而去(可在徐庶離開前卸下其裝備，避免被帶走)。
依照徐庶所言，出新野城往南行軍，前往水鏡閣。進入綠瓦房屋內，與司馬徽對話。得知徐庶離開乃是曹操謀士之計。離開前徐庶推薦之人乃是臥龍，復姓諸葛，單名亮，字孔明。現住在荊州東外二十里的隆中，可前往拜訪。
往荊州城東側村落的下方行軍，穿過一排綠色的樹林后在一座山林內可進入臥龍崗。山腳右側可遇見旅人，正確回答「選項三」后獲得「大會心丹x3」。接著上山，左上角房屋前與書童對話，被告知先生并不在家，劉備只得報上姓名來日再行拜訪。首顧草廬結束，回荊州面見劉表。離開宮殿時天空下起大雨，劉備決定趁雨再次拜訪孔明。這次在孔明住處見到書童與另外一人，上前對話得知其是諸葛均，留書后再次離開臥龍崗，完成二顧草廬。此時在臥龍崗山腰處可遇一人，臥龍之友博陵崔州平。持有道具「文人草書」時與其對話，可獲得造詣「文人之書」及軍師天賦「策池」。
從臥龍崗返回荊州，進入大殿內發現劉表病危，對話后得知其欲將荊州牧讓位于劉備，向來以仁德著稱的劉皇叔當然不會就此答應，之后劉表告知有條密道可通往新野，出大殿蔡瑁突然殺出，率兵造反。
堵住了出城的路，來到大殿左側的房屋內并進入密道，密道內有天賦「上將」，如果有「軍運牌」的話可以開啟金色寶箱，三次暴擊后獲得「沖方軍印」并習得沖方陣法。
密道地圖：
成功逃出密道后，劉備軍直接到達新野城內，陳登離隊留守新野，此時有情報說孔明于昨日回到家中，劉備大喜，即刻準備三顧草廬。到臥龍崗后對話童子，劉備只身拜訪，進入屋內，發現孔明正在午睡，對話床榻，三次不要叫醒。一番言論后，諸葛孔明終于加入隊伍。
劇情過后，突然來報，曹操派夏侯惇率十萬大軍來襲，孔明軍師亦可小試身手。對話后隊伍只剩趙云和孔明，可以去編所調遣其他將領參戰，當隊伍滿五人時，在博望坡戰斗我方援軍不會更改當前設置好的出戰隊伍，反之關羽、張飛、關平在戰斗時會自動加入戰斗隊伍中。從西南方向進入博望坡，坡道中調查木堆共可獲得「火把x5」，在博望坡二層點燃所有冒煙的柴堆，全部點燃后，對話夏侯惇進入戰斗。
孔明趙云與夏侯惇正面交鋒，第一次戰斗以防御為主，一回合后諸葛亮主動撤退，將夏侯惇引入了包圍圈(切勿使用武將技，以備第二場戰斗)。隨后關羽、張飛、關平前來助陣。若之前尋得全部火把并將柴堆點燃，夏侯惇大軍此時會陷入火海，進入戰斗后，敵軍每回合會受到烈焰灼燒傷害(根據點燃柴堆的數量)，此外夏侯惇的武將技「麒麟」基本會秒殺我方將領，可用回生丹復活，獲勝不難。
若沒有點燃任何柴堆，則無法觸發火攻烈焰，正面與夏侯惇交鋒，敵人的傷害極高，戰役難度大大提升，但戰斗勝利后可獲得造詣「博望神軍」。當然造詣也可以二周目時再做，畢竟一周目有些造詣想獲得還是很有難度的。
順利擊敗夏侯惇后返回新野，正要歡喜時，伊籍傳來急報：荊州劉表已故，曹操率領百萬軍士往荊州而來，欲報火燒博望坡之恥。劉備決定帶著百姓前往江陵城暫避，孔明、關羽則前往江夏求援，先行離隊。
來到江陵城門，未料蔡勛不但不開城門，反向劉備軍發起進攻，劉備軍扶老攜幼，陷入苦戰，全軍屬性下降，難以作戰，只能選擇撤退，往江夏避難。此戰與日前的練兵不同，「苦戰」狀態屬性全面下降，加上沒有士氣所以非常艱難，可選擇撤退直接前往江夏(強行戰斗勝利后劇情也不會發生任何變化)。
隨后向北進入山陵村，村內有天賦「兵伐」,進行補給后往南進入長坂坡觸發戰斗，曹洪攜青缸劍阻擋劉備軍的去路，此戰可選擇撤退，但難度不高，可以輕易擊敗，只要注意血量，忌心李典，最后一定要保留一位殘血敵兵給趙云恢復滿血量后再擊破，為長坂坡突破做準備。
戰斗勝利后，劉備軍被沖散，趙云暫時獲得青缸劍，習得武將技「真無雙」，同時進入「復免」狀態，無法使用藥品和計策進行血量恢復。
一路上可以遇到曹洪、李典、于禁及樂進等敵將追殺，擊退每個武將可以獲得200人擊破數累計。擊敗一組兵士可以獲得100人擊破數累計。在長坂坡中間位置可以尋得糜夫人，夫人將阿斗交于趙云保護，為不拖累趙云，投井而死，趙云趕至張飛等人處，即可完成突破。
累計擊殺滿500人，可獲得造詣「百人擊破」，累計擊殺滿1000人，可獲得造詣「千人擊破」。
方才脫離長坂坡(坡內1000人斬后，趙云的真武將技可永久保留，否則將會消失，建議二周目時再行完成，難度會大大降低)。曹純的追兵已至，強行進入戰斗，危機時刻孔明與關羽率大軍從江夏趕到，一起加入戰斗。
一回合后，孔明諫言撤退，趕往江夏。(此戰為6人BOSS戰，每個敵將傷害都非常高，且將技附帶防御及提速BUFF，難度很高，此戰為劇情戰斗，正常情況下建議在將重點放在接下來的江夏城，在進入戰斗后的第三回合選擇撤退。若擊敗前來追擊的曹純大軍，可獲得造詣：「逆境重生」)。
注：在長坂坡趙云解除復免狀態后可回山陵村調遣武將，如果隊伍已滿5人則關羽和孔明不會加入戰斗，如果是三人出戰關羽和孔明會自動加入戰斗隊伍。繼續向南行軍至柵口處，士兵來報：蔡瑁襲擊占領了江夏，請劉備火速趕往江夏。柵口左側看見旅人，正確回答「選項三」后獲得裝備「鋼刀」。
往南來到江夏城前，觸發本章節最終BOSS戰，蔡瑁先手布置長蛇陣，提高全軍的命中，張允武將計「攝魂」可以讓一名武將混亂，失去自主能力兩回合，效果類同于離間計，蔡瑁會連續施放兩次武將計溺水，隨機對4名武將造成傷害并疊加溺水BUFF，有此BUFF的武將會受到翻倍的水計策傷害，兩名謀士會施放全體水屬性計策配合蔡瑁的溺水。
建議：必要的情況下可先返回長坂坡上方的江陵村編成所進行武將調配和軍師天賦設定，再行前往迎戰。
此戰對我軍的限制很大，武將一旦中了攝魂擊，就只能聽之任之，毫無辦法;有溺水BUFF存在，水屬性計策傷害會很高，魚鱗陣雖然能減少計策傷害，但缺點也是致命的，1號5號位會100%被暴擊，一旦被攻擊，恢復壓力巨大，而且蔡瑁、張允、文聘的普攻傷害不俗，不推薦使用。可以利用孔明「天變之雨」，減少消耗的同時能大幅降低韓嵩、王桀的水計傷害，優先將文聘的兵力削減，等「攝魂」效果結束后，要根據戰況做好恢復，盡量在「天變之雨」的回合數之內盡快重創敵軍，只要文聘、張允等人陣亡，韓嵩、王桀也就失去了威脅，全面進攻，即可擊敗蔡瑁。
隨后進入江夏與劉琦匯合，城內有軍師天賦「耐力」，城中的NPC會求取奏樂之物「木長笛」，如果在之前的野外戰斗中獲取，可交于此人，隨機獲得一種玉石，不交也不影響劇情。大殿內東吳使者魯肅為聯合抗曹而來江夏，孔明答應與其一同前往江東面見孫權，魯肅加入隊伍。(前往江東只能孔明魯肅兩人，不可攜帶其他將領)。出城后，乘坐渡船前往東吳，臥龍之志章節至此結束。
