1356年至1359年間，漢民族起義軍首領(lǐng)朱元璋不斷擴(kuò)充自己勢(shì)力，至此已統(tǒng)一江南半壁江山。1367年朱元璋開(kāi)始北伐，在大將徐達(dá)、常遇春等部將協(xié)助之下，于1368年八月間攻陷元大都，元惠宗(順帝孛兒只斤妥歡鐵木兒)見(jiàn)大軍將至，于深夜之間開(kāi)建德門北奔，逃往上都。
元上都位于今中國(guó)內(nèi)蒙古自治區(qū)錫林郭勒盟正藍(lán)旗境內(nèi)。元世祖忽必烈即位之前，命劉秉忠建王府于此。1279年滅宋后，改為陪都，作避暑行宮，每逢夏季之時(shí)在此處理政務(wù)。
此后，在漠北的蒙元君臣依舊沿用大元國(guó)號(hào)，史稱“北元”。北元政權(quán)持續(xù)了二百六七十年，差不多與明朝相始終，雖然沒(méi)有被明王朝消滅，但最終皆被清王朝所滅。
大明興，元朝滅，但身居北元的蒙古貴族不甘心失敗，仍然企圖重新入主中原，于是不斷組織力量反攻。明朝初建之時(shí)，根基還不穩(wěn)定，為了鞏固自己的統(tǒng)治，只能對(duì)蒙古采取征討和招撫并用的策略。其結(jié)果，雙方都沒(méi)有能夠如愿以償，形成了南北對(duì)峙的局面。
北元初期，蒙古貴族依靠的力量主要有三支：
(1)、元河南王擴(kuò)廓帖木兒(又名王保保)率領(lǐng)十余萬(wàn)軍隊(duì)，占據(jù)山西、甘肅方面。(2)、北元丞相納哈出擁二十余萬(wàn)眾據(jù)守遼東。(3)、元梁王管轄之下的云南還有十余萬(wàn)軍隊(duì)，策應(yīng)北元皇帝的軍事行動(dòng)。
此外，北元與東面的高麗、西面的畏冗兒地區(qū)仍舊保持著密切的政治、軍事、經(jīng)濟(jì)等方面的聯(lián)系。
1368年冬，惠宗命擴(kuò)廓帖木兒從山西出兵奪回大都。軍行途中，明朝將領(lǐng)徐達(dá)乘虛襲擊他的后方太原。擴(kuò)廓帖木兒回師救援，正中計(jì)謀，被明軍襲破大營(yíng)。折兵四萬(wàn)，僅率十八騎逃入甘肅，山西地區(qū)自此被明王朝占據(jù)。
1369年春夏，北元遠(yuǎn)相也速幾次進(jìn)攻通州(今北京通縣)，但都被明軍擊退。明軍乘勢(shì)北進(jìn)。惠宗從上都退往應(yīng)昌(今內(nèi)蒙古克什克騰旗達(dá)里諾爾西岸)，宗王慶生、平章鼎住被明軍追及擒殺，一萬(wàn)將士被俘。上都陷落。
1370年四月，駐守在沈兒峪口(今甘肅定西縣北)的擴(kuò)廓帖木兒與徐達(dá)率領(lǐng)的明軍激戰(zhàn)。擴(kuò)廓帖木兒大敗，僅與妻子和少數(shù)隨從北渡黃河，跑到漠北和林，八萬(wàn)六千多官兵全部被俘。自此，陜西、甘肅等地區(qū)也被明朝占據(jù)。
1370年五月元惠宗因痢疾剛剛?cè)ナ溃鞒筌婋S之而來(lái)，展開(kāi)應(yīng)昌圍城戰(zhàn)。一日而下，惠宗之孫買的里八刺及后妃、諸王、官吏等多人被俘，而后被押解京師。惠宗之子愛(ài)酞識(shí)理達(dá)臘(北元昭宗)率數(shù)十騎逃往和林，與擴(kuò)廓帖木兒會(huì)合。
這一年，愛(ài)酞識(shí)理達(dá)臘即皇帝位，稱必力克圖汗，年號(hào)宣光，為北元昭宗。
北元節(jié)節(jié)敗退，明朝打算乘勝?gòu)氐状蚩逅膭?shì)力，以絕后患。1372年，明軍十五萬(wàn)分東西中三路進(jìn)攻北元。
但這一次明朝對(duì)北元的戰(zhàn)爭(zhēng)，卻以失利告終。明朝在短時(shí)期內(nèi)再?zèng)]有能力深入北方草原作戰(zhàn)，北元?jiǎng)t爭(zhēng)取到了喘息時(shí)間，雙方在邊境地區(qū)不斷發(fā)生拉鋸式的沖突，雙方各有輸贏。
1375年，擴(kuò)廓帖木兒死于漠北，使北元軍隊(duì)失去了一位能征慣戰(zhàn)的驍將。這一年納哈出進(jìn)攻明朝遼東州城，屢被擊敗。
北元昭宗於1378年逝世，他死后由弟脫古思帖木兒(北元平宗)繼位。
l380年．北元國(guó)公脫火赤等經(jīng)常進(jìn)擾明邊，在亦集乃遭征討被俘。次年，北元平章乃兒不花在邊境地區(qū)被徐達(dá)擊敗。
1381年，據(jù)守云南的元軍遭明朝大軍的征討。白石江(今云南曲靖縣東北)一戰(zhàn)，十余萬(wàn)北元大軍潰敗，被俘者二萬(wàn)有余。梁王匝剌瓦爾密見(jiàn)大勢(shì)已去，帶著妻、子一同投滇池自殺。與漠北蒙古貴族逐相呼應(yīng)的這支力量被消滅了。
1388年，明朝大將藍(lán)玉率師掩襲北元平宗脫克思帖木兒于捕魚兒海，蒙古軍倉(cāng)猝拒戰(zhàn)，大敗。太尉蠻子被殺﹐諸王﹑平章以下官員三千多人﹑軍士男女七萬(wàn)多人被俘。
1402年(明建文四年)，東坤帖木兒自立為汗，去元國(guó)號(hào)﹐改稱韃靼。至此，北元實(shí)際上滅亡。
從此之后，蒙古內(nèi)部紛紛自立為汗，相互廝殺，有些部族選擇與明朝合作，有些則選擇繼續(xù)抗明，這種情況一直延續(xù)到1636年，韃靼十六部降清，韃靼亡。8年之后，清兵過(guò)山海關(guān)，明朝亡。
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