2019/10/03 修改版:這篇?jiǎng)偘l(fā)的時(shí)候,評(píng)論里有老師補(bǔ)充了3個(gè)fun gene names,這次添加在了文末的表格中。時(shí)間一直在走,一個(gè)月,六個(gè)月,十年,七十年,仿佛過(guò)了很多年,感覺(jué)卻只有一瞬間,新關(guān)注的朋友很多,所以想著做個(gè)“舊文新看 ”,之后也會(huì)有類似文章,歡迎各位評(píng)論,分享想法。
作為一個(gè)人的代號(hào),名字既可以像朱元璋一樣突顯自我,也可以像朱重八一樣只是父母年齡疊加,基因名類似。雖然在生物研究尤其是基因項(xiàng)目中不斷有許多新基因出現(xiàn),但研究歷史可以追溯到孟德?tīng)枙r(shí)期的基因直到1905年才正式有了gene
的術(shù)語(yǔ)。為了更好的研究和描述基因的功能,基因名的確定一直為人津津樂(lè)道——一般遵從先發(fā)現(xiàn)先命名,由發(fā)現(xiàn)者決定,之后可能由各種緣由加成確定。
現(xiàn)在的基因名通常聯(lián)系一些突變表型,例如基因Callipyge
(雙臀肌基因),在綿羊中發(fā)生突變的話,病變體臀部會(huì)變得肌肉結(jié)實(shí),但也有僅描述實(shí)驗(yàn)相關(guān)的名字,比如nBAF 45
和BAF 47
反映的是產(chǎn)品分子量的變化。另外,基因名大致可以分為四大類和十一子類。具體如圖:
描述如下:
M類:明確反映基因的潛在特征,有三個(gè)子集。
M-scientific
:這是一個(gè)描述內(nèi)容最仔細(xì)的子類。雖然有時(shí)會(huì)出現(xiàn)奇怪的簡(jiǎn)寫,但是本體意義一眼明了,比如熒光素酶-Luciferase(LRE)
,光產(chǎn)生器的生物成分名都有合起來(lái)是lucife
的根,在拉丁語(yǔ)中是“光明使者”的意思,因此不難理解LRE
。M-literal
: 用通感、比喻等文學(xué)性語(yǔ)言修飾基因特性。例如基因Sonic Hedgehog(SHH)
編碼產(chǎn)生Sonic hedgehog(Shh)
分泌蛋白,介導(dǎo)脊索和底肋板之間信號(hào)傳導(dǎo)活動(dòng),從而導(dǎo)致蒼蠅胚胎病變,并長(zhǎng)出類似棘刺的東西,和刺猬相像,而Sonic
(競(jìng)速游戲 刺猬索尼克)作為刺猬界的大佬在這里出現(xiàn)似乎合情合理。M-embed
: 和M-literal
一樣會(huì)采用類文學(xué)語(yǔ)言,但會(huì)相對(duì)嵌上一些流行文化、歷史或者文學(xué)因素,比如Spock
基因發(fā)生突變時(shí)斑馬魚(yú)的內(nèi)耳會(huì)變成梨形,正像了星際迷航中的瓦肯星人,而強(qiáng)大的“混血”人Spock數(shù)年來(lái)一直為人追捧,出現(xiàn)這個(gè)名字是絕對(duì)的真實(shí)追星現(xiàn)場(chǎng)。
~M類:擁有三個(gè)大類并且名字完全不傳達(dá)基因個(gè)體本身信息,發(fā)生這種現(xiàn)象的原因多種多樣。
~M-nr
:名字與基因潛在作用沒(méi)有任何相關(guān)性,來(lái)源多是生物學(xué)家們的奇思妙想。例如果蠅的yippee
基因其實(shí)是根據(jù)一個(gè)研究生對(duì)克隆這個(gè)基因的自然反應(yīng)得到的。(yippee
開(kāi)心的意思,克隆出新基因,很高興的事情)~M-irrel
:這個(gè)類別的名字縮寫呈現(xiàn)難以言喻的笑果(雖然和突變特征沒(méi)有絲毫關(guān)系),比如上圖中的基因RING(a really interesting new gene)
,它的結(jié)構(gòu)域是鋅指類型的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域,而許多含有RING finger
的蛋白質(zhì)在泛素化途徑中起著相當(dāng)關(guān)鍵的作用,起這個(gè)名的人大概覺(jué)得這真的很有趣。(不過(guò)從另外一個(gè)角度,鋅指蛋白的結(jié)構(gòu)也像一枚戒子)~M-outside
:由于外界施壓重生的名字,比如POKEMON(POK Erythroid Myeloid Ontogenic factor)
,是一種其他癌基因引發(fā)癌癥必需的癌轉(zhuǎn)換基因,但是有著Pokémon
(寵物小精靈)特許經(jīng)營(yíng)權(quán)的任天堂不希望與癌癥相關(guān),因此現(xiàn)在已經(jīng)變成了無(wú)聊的Zbtb7
。
T類:多基因的命名轉(zhuǎn)變到其他領(lǐng)域
T-relation
:除了保留名稱之間的內(nèi)部關(guān)系,特征關(guān)系也經(jīng)由整個(gè)系統(tǒng)傳達(dá)出來(lái),尤其是還通過(guò)了轉(zhuǎn)換系統(tǒng)內(nèi)指定的名稱實(shí)現(xiàn),例如Grim and Reaper
(死神)兩個(gè)基因相互作用時(shí)會(huì)減短蒼蠅的生命周期。T-norelation
:名稱之間的任何內(nèi)部關(guān)系在應(yīng)用于基因時(shí)丟失,且名字的含義僅和整個(gè)轉(zhuǎn)換系統(tǒng)相關(guān)。
P類:P類有三個(gè)子集且和多基因命名相關(guān),在樣本規(guī)模大的生物命名法中很容易出現(xiàn)問(wèn)題。**
P-clash
:發(fā)生在屬于同系物但名字相互沒(méi)有關(guān)系的基因間,比如基因PKD 1(人)和基因LOV-1(蠕蟲(chóng))是同系物,基因相似但名稱之間完全沒(méi)有關(guān)系。P-confusion
:不同基因具有相同名稱或者一個(gè)基因有多個(gè)名字都會(huì)讓人混淆,例如jolly
基因(全名:腫瘤壞死因子受體亞家族,成員1B)又稱TNFR2
、TNFBR
、TNFR-75kD
、TNFR-80 kD
、p75TNFR
、p75
和CD120b
。P-defunct
:名字對(duì)應(yīng)的功能或特征被證實(shí)不符或容易產(chǎn)生誤導(dǎo)。如 對(duì)應(yīng)老鼠中同一基因的BAF45和BAF47,現(xiàn)在因?yàn)閷?duì)產(chǎn)品分子量的矛盾估計(jì)已經(jīng)改叫Ini 1。
通過(guò)上面的基因名分類不難發(fā)現(xiàn)單基因名由于和實(shí)意聯(lián)系更容易產(chǎn)生趣味,這些歸功于科學(xué)家的幽默無(wú)與倫比,看看這些圖能猜到對(duì)應(yīng)的基因名字嗎?
圖1
圖2
圖3
圖4
圖5
圖6
圖7
圖8
對(duì)于其他的fun gene names
還有著以下介紹,讓我們一起看看還有哪些驚艷的基因名:
Gene | 來(lái)源 | 圖 |
---|---|---|
Boss gene (Bride Of Sevenless) | 是果蠅復(fù)眼中R7細(xì)胞發(fā)育必須的蛋白Sevenless的配體,Boss因與其結(jié)合而得名。“夫妻”合作的結(jié)果是蒼蠅視網(wǎng)膜上R8光受體神經(jīng)元可以誘導(dǎo)相鄰細(xì)胞并通過(guò)細(xì)胞接觸呈現(xiàn)R7細(xì)胞命運(yùn)。 | |
Brainiac(動(dòng)畫片Pinky and the Brain里的聰明老鼠Brain) | 果蠅的這條基因變異會(huì)使得腦部發(fā)達(dá),正可以解釋遺傳性大頭 | |
Cabernet, Chardonnay, and Riesling(紅葡萄酒,白葡萄酒,干白葡萄酒中的三種品牌) | 斑馬魚(yú)含這三種任意基因的話,血細(xì)胞量會(huì)低于正常值且顏色也會(huì)與酒的顏色映襯 | |
Da | 擬南芥中控制植物種子和器官大小的基因。(跟我一起讀:大) | |
Dracula(吸血鬼德古拉) | 斑馬魚(yú)中的突變體會(huì)對(duì)光敏感,暴露在光線下會(huì)出現(xiàn)幾種影響皮膚和內(nèi)臟器官的遺傳性疾病的癥狀。見(jiàn)光死的特性類似傳說(shuō)中的吸血鬼 | 圖一 |
Hamlet | 影響果蠅 IIB細(xì)胞后代細(xì)胞的發(fā)育,是決定了“To be or not to be‘’的基因界哈姆萊特。 | |
hu-li tai shao (hts) | (跟我一起讀:護(hù)理太少, too little nursing) 和果蠅卵母細(xì)胞中ring canal的形成有關(guān),控制或編碼肌動(dòng)蛋白結(jié)合蛋白的基因。 | |
Indy (I’m Not Dead Yet) | 其功能與Kreb cycle的中間代謝產(chǎn)物之運(yùn)送有關(guān),最開(kāi)始的研究發(fā)現(xiàn)其突變體有更長(zhǎng)的壽命,因此得此名。后來(lái)又有研究不太支持這一結(jié)論 | |
Jordan element | 邁克爾喬丹,因?yàn)樗哂刑S簡(jiǎn)單植物-團(tuán)藻的基因組的非凡能力。 | |
Ken and Barbie(肯和芭比娃娃) | 該基因調(diào)節(jié)果蠅外生殖器發(fā)育,發(fā)生突變的果蠅沒(méi)有外生殖器,而關(guān)于芭比娃娃,只能說(shuō)這想象力也沒(méi)誰(shuí)了 | |
LEUNIG和 SEUSS | 以漫畫家LEUNIG(用漫畫諷刺過(guò)澳洲的兒童保育服務(wù),作品探索精神和宗教信仰,帶有一定政治色彩)和SEUSS(兒童文學(xué)作家,政治漫畫家)命名的兩個(gè)擬南芥基因,大概兩人都對(duì)兒童發(fā)展有所影響,而這兩基因恰好共同作用調(diào)節(jié)花的發(fā)育 | |
Maggie | 突變后發(fā)育停滯,像the Simpsons中十五年如一日的Maggie。(腦洞下如果取名字的是日漫迷得話大概得叫“Conan” | 圖二 |
PENNYWISE | 以加州朋克搖滾樂(lè)隊(duì)命名的擬南芥基因,和POUND-FOOLISH基因一起發(fā)揮作用 | |
Superman | 擬南芥基因,突變失活后花長(zhǎng)出額外的雄蕊。Clark Kent是中等程度superman突變,Kryptonite抑制superman的功能。在DC漫畫中, superman和Clark kent都是超人,Kryptonite氪石,一種綠色結(jié)晶物質(zhì),可使超人衰弱和生病。 | 圖三 |
Swiss Cheese | 突變體大腦中有洞,像瑞士奶酪! | 圖六 |
Tinman | 突變體果蠅無(wú)心臟,來(lái)源于綠野仙蹤中的Tin man鐵皮人,缺少心臟 | 圖四 |
Van Gogh(梵高) | 發(fā)生在兩個(gè)基因中的突變,突變成年果蠅的翅膀紋路兩極發(fā)展且形狀類漩渦,圖案就像梵高的《星夜》 | 圖五 |
Wukong, Wujin, Wuneng | (跟我一起讀:悟空、悟凈、悟能)黃熱病蚊子中的轉(zhuǎn)座子元件,是微型反向重復(fù)轉(zhuǎn)座元件,可能與調(diào)控基因的進(jìn)化有關(guān)。 | |
hERG (the human Ether-à-go-go-Related Gene) | 該基因突變的果蠅在乙醚麻醉處理后,它們的腿就開(kāi)始顫抖,就像當(dāng)時(shí)流行的威士忌搖擺舞(Whisky A Go-Go) | |
huluwa | 該基因定位于斑馬魚(yú)基因組第21號(hào)染色體,是一個(gè)母系來(lái)源的跨膜蛋白,可通過(guò)穩(wěn)定β-catenin信號(hào)誘導(dǎo)脊椎動(dòng)物胚胎背側(cè)組織中心和體軸的形成,發(fā)生突變的斑馬魚(yú)突變體呈“葫蘆”形狀,是“葫蘆娃”本娃沒(méi)錯(cuò) | 圖七 |
MHZ基因 | 該基因?qū)?yīng)于水稻乙烯反應(yīng)突變體“mao hu zi ”,名字大概起源于“Ma He Zhang ”(該突變體由中科院遺傳發(fā)育所張勁松課題組的馬彪老師摸索篩選得到),而想到“貓胡子”這樣的名字,大概兩位學(xué)者可能也是MHZ(萌漢子) | 圖八 |
還有哪些有趣的基因名字,歡迎留言討論。