這一部分承接 從零開始學CIRCOS繪制圈圖(四)，對之前的布局進行調整，使結構更加適合于發表。
染色體的位置順序
默認情況下是會顯示所有的染色體，而且會先從ath1到ath5,然后從aly1到aly8, 那么如何調整順序呢？
需要設置的參數是chromosomes_order, 按照自己的需求調整位置。
chromosomes_order = aly8,aly7,aly6,aly5,aly4,aly3,aly2,aly1
雖然circos提供了一些快捷操作，比如說-,$,^, 但是遠不如直接輸入直觀。
反轉染色體的坐標順序
默認都是從0到最大值，可以通過正則匹配的方式，將aly的染色體改成從最大值到0
chromosomes_reverse = /aly/
調整染色體縮放
為了讓兩個物種的基因組能夠占Circos的兩邊，需要設置縮放。
chromosomes_scale = /aly/=0.5rn,/ath/=0.5rn
/aly/=0.5rn表示aly的所有染色體總共占據50%的空間
定義染色體的間隔
<spcaing>控制的是不同染色體之間間隔的空隙大小，比如說下面的參數表示所有染色體之間的間隔是0.005r。
<spacing>
default = 0.005r
</spacing>
我們設置某些染色體之間的距離大一些，比如說兩個物種的起始染色體和兩個物種的終止染色體
<spacing>
default = 1u
<pairwise aly1 ath1>
spacing = 10u
</pairwise>
<pairwise aly8 ath5>
spacing = 10u
</pairwise>
</spacing>
調整起始位置
默認情況下，ath1從-90度位置開始，由于設置了aly1和ath1之間的空隙為10u，于是看起來就不對稱了。為了讓結果圖能夠對錯，需要調整角度。
angle_offset* = -85
最終效果
circos-final
