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各位小伙伴，大家好！今天給大家分享一篇22年發(fā)表在Frontiers in Immunology（IF：8+）雜志上的一篇單細(xì)胞文章，前面也給大家講了一些單細(xì)胞測(cè)序的分析方法，大家可以實(shí)操起來了！

文章題目

CD8+ T cell trajectory subtypes decode tumor heterogeneity and provide treatment recommendations for hepatocellular carcinoma

文章思路

1.T細(xì)胞具有抗腫瘤免疫能力并在腫瘤發(fā)生發(fā)展過程中起著重要的作用。作者將T細(xì)胞單獨(dú)提取之后做了T細(xì)胞亞群注釋，將T細(xì)胞分成了六個(gè)亞群，研究其不同細(xì)胞類群發(fā)展軌跡中的一些關(guān)鍵基因。

2.作者將軌跡基因提取之后，使用單變量Cox回歸，生成與預(yù)后相關(guān)的候選基因，并基于這些基因?qū)颊哌M(jìn)行聚類，將患者聚為三類,并探究三種亞群病人的預(yù)后。

3.作者使用WGCNA包鑒定了不同聚類的特征基因。根據(jù)模塊特征值和表型之間的關(guān)系，篩選出三個(gè)與聚類相關(guān)性最高的模塊，并獲取特征基因進(jìn)行GSEA分析，將C1定義為脂質(zhì)代謝的HCC，C2定義為細(xì)胞增殖的HCC，而C3定義為免疫性炎癥性HCC。

4.作者使用maftools包分析不同簇之間的體細(xì)胞突變，包括單核苷酸多態(tài)性（SNP）、插入和缺失（INDEL）、腫瘤突變負(fù)荷（TMB）和突變頻率。瀑布圖描繪了三個(gè)集群中肝癌頻繁突變基因（FMG）的差異。作者還對(duì)CNV進(jìn)行了聚類分析，并進(jìn)一步展示了AMP和HOMDEL基因，它們擁有前10個(gè)擴(kuò)增或缺失的基因。

5.作者使用ssGSEA算法評(píng)估28個(gè)免疫細(xì)胞亞群的浸潤(rùn)豐度，三個(gè)集群的27個(gè)免疫檢查點(diǎn)概況，去描述免疫細(xì)胞的浸潤(rùn)推測(cè)三個(gè)聚類對(duì)免疫治療的效果，并進(jìn)一步用TIS和Submap方法評(píng)估臨床療效。

6.作者通過不同數(shù)據(jù)集，評(píng)估三個(gè)聚類經(jīng)導(dǎo)管動(dòng)脈化療栓塞（TACE）的治療反應(yīng)比以及索拉非尼的治療反應(yīng)率。使用pRRophetic包進(jìn)行藥物敏感性分析。評(píng)估尼洛替尼、波蘇替尼、阿西替尼的IC50值分布。

小結(jié)

本文章從單細(xì)胞測(cè)序分析入手，先找到參與細(xì)胞發(fā)育軌跡的一些關(guān)鍵基因，根據(jù)這些關(guān)鍵基因?qū)⒏伟┗颊叻譃槿悾⒎謩e討論了三個(gè)聚類中各種分子特征，不同的臨床結(jié)果、生物學(xué)特征、基因組變異、免疫景觀和治療反應(yīng)。最后，本研究成果提供了一個(gè)強(qiáng)大的分類系統(tǒng)，并提供了個(gè)性化的治療策略，這有助于改善臨床結(jié)果和促進(jìn)臨床管理。

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