人們一早知道利用蜂蜜的抗菌作用，所以古代有利用蜂蜜腌漬肉類防腐保持新鮮，而在現代，則利用蜂蜜治療刀傷、燙傷，內服對支氣管炎、咽喉炎、消化性潰瘍也均有一定療效。
蜂蜜的抗菌作用從何而來？其實經過相關研究，已經有較深的認識，主要有以下幾個方面：
1、蜂蜜的高滲透作用
蜂蜜是一種飽和甚至過飽和的糖溶液，糖分子和水分子相互作用，只留下極少量的游離水可供微生物利用。其水活度（aw，即天然環境中微生物可實際利用的自由水或游離水的含量）。天然成熟蜂蜜的aw值為0.63，幾乎所有細菌生長繁殖所需的aw范圍為0.9~0.98.因此引起傷口感染的細菌，不但不能從蜂蜜中取得生活用水，反而會被高糖度的蜂蜜脫水而死亡。
2、蜂蜜的酸度
天然蜂蜜是酸性的，PH都在3.2~4.5，大多數病原菌生長繁殖的適宜pH多在7.2~7.4，因此蜂蜜的這種酸度足以抑制多種病原菌的生長繁殖。
3、源于蜜蜂的抗菌因素
蜂蜜中含有蜜蜂的唾液腺、蜜腺分泌的某些酶，有抗菌作用的主要是溶菌酶和葡萄糖氧化酶
溶菌酶：一種堿性低分子蛋白質，主要作用于革蘭氏陽性菌，使其細胞壁的主要成分β-1.4糖苷鏈斷裂，造成細胞壁破裂，引起細菌死亡。
葡萄糖氧化酶：將蜂蜜中的葡萄糖氧化為葡萄糖酸和過氧化氫，過氧化氫分解產生的活性氧是殺死細菌及真菌的重要成分。過氧化氫分解時產生的氧化性很強的游離基，使細菌細胞中酶蛋白上的硫基氧化失去活性，表現出殺菌效果。
（革蘭氏染色法用于鑒別細菌，把眾多的細菌分為兩大類，革蘭氏陽性菌和革蘭氏陰性菌。大多數化膿性球菌都屬于革蘭氏氏陽性菌，它們能產生外毒素使人致病，而大多數腸道菌多屬于革蘭氏陰性菌，它們產生內毒素，靠內毒素使人致病。）
4、源于蜜源植物的抗菌因素
某些植物的蜜汁就帶有殺菌物質，主要有：黃酮類化合物，如槲皮素、木犀草素、芹菜素、鼠李素、松屬素、短葉松素、高良姜精、柯因等都具有抗菌作用。
揮發性物質：蒎烯、苧烯、桉葉油、芳樟醇、苯甲酸等等
邦特（Bernd）曾研究131種不同品種的蜂蜜對鏈球菌和金黃色葡萄球菌的抑菌作用，在瓊脂培養基中含有25%蜂蜜時，這兩種球菌都完全被抑制，而且不同品種的蜂蜜其實驗結果完全相同。我國學者的相關實驗表明：蜂蜜抑菌和殺菌功能隨蜜液濃度變化，低濃度有抑菌作用，高濃度有殺菌作用。
近百年來，各國學者對于蜂蜜的抗菌活性進行了廣泛的研究，證明蜂蜜對產檢桿菌屬、桿菌屬、沙門氏菌屬、志賀氏菌屬、葡萄球菌屬、鏈球菌屬中的60多種細菌以及7種真菌有抑菌性。蜂蜜對其中的炭疽桿菌、大腸桿菌、肺炎桿菌白色念珠菌等很多細菌都有殺菌活性，在此就不一一摘錄了。
總體說來，蜂蜜抗菌，其作用機理除蜂蜜的滲透性和酸度外，其它兩方面的因素根據不同蜂蜜品種，其抗菌物質的種類、含量及抗菌效果有差異，因為各種蜂蜜的植物來源不同所含抗菌物質各異，而且它們的抗菌活性受熱、光以及貯存時間等條件的影響。所以，作為醫療保健作用的蜂蜜應選用新鮮的、未經加熱加工處理的成熟天然蜂蜜。
