近期在NCBI SRA中下載的FastQ數(shù)據(jù)不再提供質(zhì)量值信息（圖1和圖2），據(jù)說(shuō)是為了后期便于斂財(cái)收費(fèi)提供質(zhì)量值，鄙人對(duì)這種萬(wàn)惡的資本主義行徑大為不齒，NCBI這是自絕于世界人民之舉，F(xiàn)astQ中沒(méi)有質(zhì)量值將嚴(yán)重影響reads組裝等分析，從而嚴(yán)重影響科研進(jìn)程，拖慢了醫(yī)療、工業(yè)等領(lǐng)域的發(fā)展。
圖1 NCBI下載的FastQ數(shù)據(jù)質(zhì)量信息全部變成”?"
圖2 NCBI下載的FastQ數(shù)據(jù)質(zhì)量信息全部變成30
好在，經(jīng)研究測(cè)試，可使用替代方案從EBI數(shù)據(jù)庫(kù)下載有質(zhì)量值的FastQ數(shù)據(jù)。替代方案的具體操作步驟如下：
- 進(jìn)入EBI數(shù)據(jù)庫(kù)，搜索目標(biāo)SRA數(shù)據(jù)。
- 獲取數(shù)據(jù)下載鏈接，例如，vol1/fastq/SRR203/072/SRR20318972/SRR20318972_1.fastq.gz和vol1/fastq/SRR203/072/SRR20318972/SRR20318972_2.fastq.gz
- 采用ascp下載：
ascp -QT -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -l 300M -P 33001 -k 1 -T era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR203/067/SRR20318967/SRR20318967_1.fastq.gz .
ascp -QT -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -l 300M -P 33001 -k 1 -T era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR203/067/SRR20318967/SRR20318967_2.fastq.gz .
下載完畢后即可獲得有質(zhì)量值的SRA FastQ文件。
其中ascp相關(guān)軟件的配置方法詳見(jiàn)應(yīng)用Aspera高速下載NCBI和EBI數(shù)據(jù) - 簡(jiǎn)書(shū) (jianshu.com)。
布萊特楊
2023年1月16日編輯
2023年5月31日 15:02發(fā)布
