1.查找物種的Taxid號
在NCBI上的Taxonomy 上找到Taxonomy Tools 的 Name/ID Status :(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/TaxIdentifier/tax_identifier.cgi)
image.png
在選擇文件一欄,將species_name列表文件輸入,即可得到taxid。
2.統計染色體數目
將species_name列表轉換成A or B or C or D這種形式,然后在NCBI的genome上進行搜索,summary里面含有相關信息,可以send to文件進行查看某物種的染色體數目信息。
3.統計基因組大小
將想要統計的物種的基因組序列的名稱整理成一個list,然后利用seqkit小軟件進行統計:
for i in `cat list.txt`
do
seqkit stat ${i}
done
得到的統計結果也包含一些其他的相關信息。