運行geisen_main_v1_2_1文件夾中的ipynb文件時總是提示未設置計算機的參考路徑

運行geisen_main_v1_2_1文件夾中的ipynb文件時總是提示未設置計算機的參考路徑。geisen_main_v1_2_1文件中包含的是用于下載生物科學相關的信息的工具。

其中geisen_main_v1_2_1文件夾下的文件如下圖:

圖1


運行run文件夾下的ipynb文件提示的錯誤如下圖:

圖2:如第三個單元格的錯誤提示

通過查看src文件中的output.py文件,看到需要做一些修改才能解決'Did not yet set reference paths for current machine'問題


圖3

由于是if分支循環,所以路徑修改時,可以只修改一個一個分支就行,該文件中的elif表示另外一臺計算機的路徑。對于我就只使用一臺計算機,因此可以不用修改elif。修改的內容為:

host_name=socket.gethostname() #返回的是計算機名;

socket.gethostbyname(host_name) #返回的是計算機的IP地址,如果不知道自己電腦的ip地址,可以使用它來查看自己的電腦的ip地址;

將數據輸出的路徑改為自己想要儲存數據的文件夾。

圖3中的代碼使用的是mac計算機,在mac計算機中,socket.gethostname()得到計算機名,計算機名.local就可以訪問計算機,無需使用ip地址,在非mac計算機中,需使用ip地址才得以實現。


圖4:修改內容如圖



另外,對于geisen_main_v1_2_1文件夾下的src文件夾中的prepare.py? 文件,該文件中的 import ENCCalculator as CodonBiasCalculator 模塊可能是由于涉及未發表的文章的代碼的原因,我還不知道如何去找這個模塊來安裝。因此導致很多需要調用prepare.py 的文件運行都會提示沒有 ENCCalculator? 模塊。我就把“import ENCCalculator as CodonBiasCalculator ”刪除。


圖5:geisen_main_v1_2_1文件夾下的src文件夾下的子目錄

圖6:prepare.py文件的開頭部分內容



圖7:刪除了import ENCCalculator as CodonBiasCalculator之后的pripare.py文件
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