http://mooc.guokr.com/note/19349/
Lecture 11: Mechanism of Transposition轉(zhuǎn)座機(jī)制
Segment 1: Introduction
- 基因重組分為三大類：
同源重組 (homologous recombination)：兩個(gè)基因之間發(fā)生同源重組的概率取決于它們?cè)谌旧w上相隔的距離。如果它們?cè)谕蝗旧w上離得很近，那它們同源重組的概率就比較低；與此相反，如果它們離得很遠(yuǎn)，那它們之間發(fā)生同源重組的概率就會(huì)高得多。可以通過(guò)研究特定基因之間同源重組發(fā)生的概率來(lái)推測(cè)它們?cè)谌旧w上的排列順序。
- 位點(diǎn)專一性重組 (conservative site-specific recombination)、
- 轉(zhuǎn)座重組 (transposition)：一段DNA序列從基因組的一個(gè)位置“跳躍”到另一個(gè)位置
Segment 2: Introduction to Transposable Elements轉(zhuǎn)座子
轉(zhuǎn)座子 (Transposable elements) 是一類在染色體中可移動(dòng)的一段DNA序列
VDJ重排
Segment 3: History and the Three Classes of Transposition
芭芭拉·麥克林托克 (Barbara McClintock)在玉米遺傳學(xué)研究中通過(guò)研究玉米粒顏色的不同首次發(fā)現(xiàn)了轉(zhuǎn)座子
轉(zhuǎn)座因子分為三種不同類別：
第一種 經(jīng)典DNA轉(zhuǎn)座子 總是DNA構(gòu)成，并且轉(zhuǎn)座后還是DNA。經(jīng)典DNA轉(zhuǎn)座子又分為兩類，一類是每次移動(dòng)都會(huì)進(jìn)行復(fù)制；另一類是移動(dòng)時(shí)不進(jìn)行復(fù)制。
第二種 類逆轉(zhuǎn)錄病毒轉(zhuǎn)座子，包括逆轉(zhuǎn)錄病毒和類逆轉(zhuǎn)錄病毒轉(zhuǎn)座子，會(huì)有RNA作為中間產(chǎn)物，但實(shí)際上當(dāng)它們處于DNA階段時(shí)，其重組機(jī)制和經(jīng)典DNA轉(zhuǎn)座子非常相似
第三種 非病毒家族轉(zhuǎn)座子
Segment 4: Defining DNA Transposition and Transposons定義基因轉(zhuǎn)座和轉(zhuǎn)座子
Segment 5: 轉(zhuǎn)座機(jī)制-剪切和粘貼Transposition Mechanism - Cut and Paste
Segment 6:轉(zhuǎn)座子切除機(jī)制 Transposon Excision Mechanisms
為了產(chǎn)生剪切粘貼型轉(zhuǎn)座，就要使轉(zhuǎn)座子兩端出現(xiàn)雙鏈斷裂，將其完整地從舊位點(diǎn)切出來(lái)，移到新位點(diǎn)
，進(jìn)行此反應(yīng)的方法有很多種，這里說(shuō)三個(gè)有趣的例子。
Segment 7: 復(fù)制型轉(zhuǎn)座機(jī)制Transposition Mechanism - Replicative
Segment 8: 類病毒的反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子的轉(zhuǎn)座機(jī)制Transposition Mechanism of a Retrotransposon
Segment 9: 區(qū)分不同的轉(zhuǎn)錄機(jī)制Distinguishing Between Transposition Mechanisms
Lecture 12: 分析轉(zhuǎn)座的實(shí)驗(yàn)Assays for Transposition
Segment 1: Assays for Transposition
Segment 2: Sectoring雜色圖樣 Assays
Segment 3: 交配實(shí)驗(yàn)Mating-Out Assay
利用了轉(zhuǎn)座生物表型變化，稱為接合實(shí)驗(yàn)或交配實(shí)驗(yàn)
只要看受體細(xì)胞對(duì)何種抗生素敏感或耐受，就能知道轉(zhuǎn)入的類型及發(fā)生頻率
這個(gè)實(shí)驗(yàn)通常會(huì)有三個(gè)結(jié)果：
Segment 4: Sleeping Beauty
從人類細(xì)胞中得到無(wú)活性的轉(zhuǎn)座因子序列，從這些序列信息中，試圖重拼出原始轉(zhuǎn)座子的樣子
通過(guò)重拼序列 ，得到有活性的原始轉(zhuǎn)座子，這種重組實(shí)驗(yàn)有幾個(gè)不同的版本，這個(gè)版本叫睡美人，因?yàn)檫@些因子在沉睡了很多很多很多年后被重新喚醒
Segment 5: Genomic Southern Blot
這能觀察全染色體，但只探查特定序列
