先下載人類基因組index

cd referece?

mkdir index?

cd index

wget -c ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/data/hg19.tar.gz

tar -zxvf hg19.tar.gz

下載的gz文件先解壓，得到好多文件，要用cat合在一起。

cat genome.1.ht2 genome.2.ht2 genome.3.ht2 genome.4.ht2 genome.5.ht2 genome.6.ht2 genome.7.ht2 genome.8.ht2 > genome

hisat2 -t -x~/rna_seq_analysis/reference/index/hg19/genome -1 ~/rna_seq_analysis/fastq/SRR5894154_1.fastq.gz -2 ~/rna_seq_analysis/fastq/SRR5894154_2.fastq.gz -s ~/rna_seq_analysis/aligned/SRR5894154.sam