參考學習網址:https://blog.csdn.net/u011262253/article/details/78506951
下載序列
NCBI下載序列方法
下載的是基因或者蛋白質的全序列
合并多個fasta文件多序列比對
!Clustalw 比對后結果需要編輯第一列第一列,可以留下物種名,登錄號(因為要比對序列同源性,最好把顯示 - 的序列去掉,使多序列的兩端整齊,類似矩陣)
OR 對齊完之后,選擇兩端不齊的部分,右鍵delete即可。
導出fasta格式和MEGA格式兩種格式
打開Clustalx 加載剛剛比對完的fasta格式(注意是比對完的,文件后綴名為.fas)
導出可視化文件,參數默認點OK
!得到可視化的多序列比對結果,打開類似這樣(打開用到的軟件為Adobe Acrobat)
- 進化樹分析
打開MEGA,載入meg文件
參數設置(這里是核酸序列)
得到進化樹
導出與美化
https://www.sohu.com/a/164261454_652735
MEGA7軟件
第一步open,retrive file,species.fasta文件; 比對后選擇保存,處保存為mega format,文件名為species.meg
第二部 data,open,打開species.meg,建樹后保存,file,export成Newick格式,文件名為 species.nwk