2019-03-01 序列下載及合并,多序列比對,進化樹

參考學習網址:https://blog.csdn.net/u011262253/article/details/78506951

  1. 下載序列
    NCBI下載序列方法
    下載的是基因或者蛋白質的全序列
    合并多個fasta文件

  2. 多序列比對
    !Clustalw 比對后結果需要編輯第一列第一列,可以留下物種名,登錄號(因為要比對序列同源性,最好把顯示 - 的序列去掉,使多序列的兩端整齊,類似矩陣)

OR 對齊完之后,選擇兩端不齊的部分,右鍵delete即可。

導出fasta格式和MEGA格式兩種格式
打開Clustalx 加載剛剛比對完的fasta格式(注意是比對完的,文件后綴名為.fas)
導出可視化文件,參數默認點OK
!得到可視化的多序列比對結果,打開類似這樣(打開用到的軟件為Adobe Acrobat)

  1. 進化樹分析
    打開MEGA,載入meg文件
    參數設置(這里是核酸序列)
    得到進化樹
    導出與美化

https://www.sohu.com/a/164261454_652735
MEGA7軟件
第一步open,retrive file,species.fasta文件; 比對后選擇保存,處保存為mega format,文件名為species.meg
第二部 data,open,打開species.meg,建樹后保存,file,export成Newick格式,文件名為 species.nwk

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